ยาเสพติดไม่ใช่เป็นปัญหาเฉพาะประเทศใดประเทศหนึ่งโดยเฉพาะ แต่เป็นปัญหาของทุกประเทศในโลก เพราะอันตรายร้ายแรงมิใช่จะเกิดมีแต่เฉพาะผู้ติดยาเสพติดเท่านั้น แต่ยังเป็นภัยอันตรายอย่างใหญ่ยิ่งต่อความสงบสุขของสังคม และความมั่นคงของประเทศชาติอีกด้วย องค์การสหประชาชาติตระหนักถึงอันตรายดังกล่าว ทุกประเทศในเครือสมาชิก จึงมีข้อตกลงในการดำเนินการป้องกันปราบปรามและให้การบำบัดรักษาผู้ติดยาเสพติดในแต่ละประเทศให้ได้ผล สำหรับประเทศไทยได้มีประกาศของคณะปฏิวัติฉบับที่ 37 ลงวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2501 ห้ามการขายฝิ่นและสูบฝิ่นโดยเด็ดขาด ถือเป็นสิ่งผิดกฎหมาย

ผลอันเกิดจากประกาศคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 37 ได้มีคำสั่งให้กระทรวงมหาดไทยและกระทรวงสาธารณสุข จัดตั้งสถานพยาบาล และสถานพักฟื้น ให้การรักษาแก่ผู้ติดฝิ่นขึ้นเป็นครั้งแรกในประเทศไทย ที่คลอง 5 ตำบลรังสิต อำเภอธัญบุรี จังหวัดปทุมธานี มีชื่อว่า “สถานสงเคราะห์คนติดฝิ่น ของกระทรวงมหาดไทย และกระทรวงสาธารณสุข” (The Government Opium Treatment Centre) เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2502 การดำเนินงานระยะเริ่มแรกโดย กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข มีหน้าที่รับผิดชอบให้การรักษาผู้ติดฝิ่นขั้นถอนยา รับผู้ป่วยได้ 1,000 คน ส่วนกรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทย มีหน้าที่รักษาขั้นฟื้นฟู รับผู้ป่วยได้ 3,000 คน

เนื่องจากการปฏิบัติงานโดยแบ่งความรับผิดชอบออกเป็น 2 ฝ่ายนั้น ทำให้การดำเนินงานบำบัดรักษาไม่ได้ผลดี การบังคับบัญชารับผิดชอบงาน ควรจะขึ้นอยู่กับหน่วยฝ่ายหนึ่งฝ่ายใดแต่ฝ่ายเดียว กรมการแพทย์จึงได้โอนกิจการความรับผิดชอบการรักษาขั้นถอนพิษยา ให้แก่กรมประชาสงเคราะห์ รับไปดำเนินงานแต่ฝ่ายเดียว เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2503 และกรมการแพทย์ ได้มอบหมายให้นายแพทย์ประยูร นรการผดุง ไปเป็นที่ปรึกษาฝ่ายวิชาการ

ต่อมากรมประชาสงเคราะห์ ได้พิจารณาเห็นว่าการรักษาขั้นถอนยาของสถานพยาบาล เป็นการบำบัดรักษาที่ต้องใช้เทคนิคทางการแพทย์ กรมประชาสงเคราะห์จึงได้มอบการรักษาขั้นถอนพิษยาของสถานพยาบาลให้กรมการแพทย์ดำเนินการรับผิดชอบพร้อมงบประมาณ เมื่อวันที่ 12 เมษายน พ.ศ. 2505 โดยตั้งชื่อสถานพยาบาลนี้ว่า “โรงพยาบาลยาเสพติด” และเพื่อให้ถูกต้องตามหลักวิชาการอันได้ผลตามที่ต่างประเทศปฏิบัติกัน กรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทย จึงได้โอนการดำเนินงาน การบำบัดรักษาผู้ติดยาเสพติดขั้นฟื้นฟู มาอยู่ในความรับผิดชอบของกรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข แต่ฝ่ายเดียว เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2507

คณะกรรมการกลางปราบปรามยาเสพติดให้โทษ (ก.ป.ส.) ซึ่งได้มีการแต่งตั้งขึ้น ในปี พ.ศ. 2504 มิได้มีหน้าที่ เพียงด้านการปราบปรามยาเสพติดแต่เพียงอย่างเดียว ยังให้การสนับสนุนงาน ด้านป้องกัน และบำบัดรักษาด้วย ได้ขออนุมัติต่อคณะรัฐมนตรี และมีมติเห็นชอบ ในการจัดสร้างโรงพยาบาลยาเสพติด ในปี พ.ศ. 2505 แต่กรมการแพทย์ไม่ได้รับจัดสรรงบประมาณ และล่าช้ามาถึง 3 ปี ในปี พ.ศ. 2507 คณะกรรมการกลางปราบปรามยาเสพติดให้โทษ (ก.ป.ส.) โดย พล.ต.อ.ประเสริฐ รุจิรวงค์ เป็นประธาน ขออนุมัติคณะรัฐมนตรีในการก่อสร้างโรงพยาบาลยาเสพติด ในวงเงิน 39,600,000 บาท ก่อสร้างแล้วเสร็จในเวลา 18 เดือน การก่อสร้างตัวอาคารเสร็จสมบูรณ์ ซึ่งถือว่า เป็นสถานพยาบาลยาเสพติดถาวรสำหรับภาคกลางเป็นแห่งแรก และมอบให้กระทรวงสาธารณสุขดำเนินการบำบัดรักษาผู้ติดยาเสพติด

กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข พิจารณา เห็นว่าหากใช้ชื่อโรงพยาบาลนี้ว่าโรงพยาบาลยาเสพติด จึงไม่เป็นการเหมาะสมเพราะทำลายจิตใจผู้ติดยาเสพติดที่เข้ามารับการบำบัดรักษา จึงได้ขอพระราชทานนามโรงพยาบาล จากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวซึ่งได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามโรงพยาบาลนี้ว่า “ธัญญารักษ์” เมื่อวันพุธที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2509 และได้ถือว่าเป็นวันสถาปนาของธัญญารักษ์ ด้วยความสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณ