สถาบันบริหารกองทุนพลังงาน เกิดขึ้นจากการที่รัฐบาลมีนโยบายที่จะให้มีการคุ้มครองผู้บริโภค ลดผลกระทบทางด้านเศรษฐกิจ สังคมและบรรเทาความเดือดร้อนของประชาชน จากวิกฤตการณ์ราคาพลังงานที่สูงขึ้น เพื่อรักษาเสถียรภาพของราคาพลังงานภายในประเทศ และเพื่อแก้ไขและป้องกันภาวการณ์ขาดแคลนพลังงาน ตลอดจนการเสริมสร้างภูมิคุ้มกันทางด้านเศรษฐกิจ และสังคมของประเทศในอนาคต

สถาบันบริหารกองทุนพลังงาน จัดตั้งขึ้นเป็นองค์การมหาชน เมื่อวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2546[3]

ต่อมาในวันเสาร์ที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2562 ราชกิจจานุเบกษาได้เผยแพร่ พระราชกฤษฎีกายุบเลิกสถาบันบริหารกองทุนพลังงาน (องค์การมหาชน) พ.ศ. ๒๕๖๒ ซึ่งมีผลบังคับใช้ในตั้งแต่วันที่ 24 กันยายน พ.ศ. 2562 เป็นต้นไป ส่งผลให้มีการจัดตั้ง สำนักงานกองทุนนํ้ามันเชื้อเพลิง ขึ้นมาแทนสถาบันบริหารกองทุนพลังงาน (องค์การมหาชน) ที่ถูกยุบไป