นาม "บัณฑิตพัฒนศิลป์" เป็นนามที่สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี องค์อุปถัมภ์มรดกศิลปวัฒนธรรมไทย โปรดเกล้าฯ พระราชทานเมื่อวันที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2540 ซึ่งหมายถึง "สถาบันผลิตบัณฑิตทางศิลปะแห่งความเจริญ" เป็นการยกระดับการศึกษาด้านดุริยางคศิลป์และช่างศิลป์ เพื่อนำศิลปะมาพัฒนาตนเอง สังคม และประเทศชาติ

สถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ เดิมเป็นสถาบันอุดมศึกษาในสังกัดกรมศิลปากร กระทรวงศึกษาธิการ (และต่อมาได้โอนมาสังกัด กระทรวงวัฒนธรรม) ได้รับการสถาปนาขึ้นตามพระราชบัญญัติการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรีในสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ พ.ศ. 2541[1] โดยมีบทบาทหน้าที่ในการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรีด้านนาฏศิลป์ ดุริยางคศิลป์ คีตศิลป์ และช่างศิลป์ทั้งไทยและสากล ในการดำเนินการจัดตั้งสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์นั้นได้เริ่มตั้งแต่ พ.ศ. 2541 โดยกรมศิลปากร ได้พยายามผลักดันเรื่องการยกระดับการศึกษาวิชาชีพพิเศษด้านนี้ขึ้น จนกระทั่งเมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน พ.ศ. 2541 มีการประกาศจัดตั้งสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ในราชกิจจานุเบกษา และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 3 พฤศจิกายน พ.ศ. 2541 เป็นต้นมา โดยให้สถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ เป็นสถาบันอุดมศึกษาในสังกัดกรมศิลปากร ตามพระราชบัญญัติการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรีในสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ พ.ศ. 2541 อันเป็นการยกระดับการศึกษาวิชาเฉพาะด้านศิลปวัฒนธรรมให้สูงขึ้นถึงระดับปริญญา โดยเปิดดำเนินการสอนครั้งแรกใน 3 คณะวิชา คือ คณะศิลปวิจิตร คณะศิลปนาฏดุริยางค์ และคณะศิลปศึกษา ตั้งแต่วันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2542 เป็นหลักสูตรปริญญาตรี (ต่อเนื่อง 2 ปี) สำหรับผู้ที่สำเร็จการศึกษาระดับประกาศนียบัตรนาฏศิลป์ชั้นสูง (ปนส.) จากวิทยาลัยนาฏศิลปทุกแห่ง และผู้ที่สำเร็จการศึกษาระดับประกาศนียบัตรศิลปกรรมวิชาชีพชั้นสูง (ศ.ปวส.) จากวิทยาลัยช่างศิลปทุกแห่ง

ในปีการศึกษา 2547 ได้ขยายการผลิตบัณฑิต โดยเปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรี (4 ปี) ในคณะศิลปวิจิตรและคณะศิลปนาฏดุริยางค์ เปิดหลักสูตรปริญญาตรี (5 ปี) ในคณะศิลปศึกษา และเปิดห้องเรียนเครือข่ายคณะศิลปศึกษาในวิทยาลัยนาฏศิลปทุกแห่งในภูมิภาค ในปีการศึกษา 2548 คณะศิลปวิจิตรได้ขยายการผลิตบัณฑิต และเปิดห้องเรียนเครือข่ายในวิทยาลัยช่างศิลปสุพรรณบุรี และปีการศึกษา 2554 เปิดห้องเรียนเครือข่ายเพิ่มขึ้นที่วิทยาลัยช่างศิลป และในปีการศึกษา 2550 คณะศิลปนาฏดุริยางค์ ได้ขยายการผลิตบัณฑิตและห้องเรียนเครือข่ายในวิทยาลัยนาฏศิลปกาฬสินธุ์ และวิทยาลัยนาฏศิลปร้อยเอ็ด

ปัจจุบัน สถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ เป็นสถานศึกษาในสังกัดกระทรวงวัฒนธรรม ดำเนินการตามพระราชบัญญัติสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ พ.ศ. 2550 ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 124 ตอนที่ 32 วันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2550[5] ส่งผลให้สถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์เปลี่ยนสถานะเป็นนิติบุคคล สามารถจัดการเรียนการสอนได้ตั้งแต่ระดับการศึกษาขั้นพื้นฐานวิชาชีพเฉพาะถึงระดับปริญญาเอก และมีอำนาจหน้าที่ตามที่ระบุในวัตถุประสงค์ของสถาบัน มาตรา 8 แห่งพระราชบัญญัติสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ พ.ศ. 2550 ที่ว่า "การศึกษาและส่งเสริมวิชาการ ตั้งแต่ระดับพื้นฐานวิชาชีพ ถึงวิชาชีพชั้นสูงด้านนาฏศิลป์ ดุริยางคศิลป์ คีตศิลป์ และทัศนศิลป์ทั้งไทยและสากล รวมทั้งศิลปวัฒนธรรมระดับท้องถิ่นและระดับชาติ ทำการสอนการแสดง การวิจัย และให้บริการทางวิชาการ ตลอดจนอนุรักษ์ สืบสาน สร้างสรรค์ ส่งเสริม ทำนุบำรุง และเผยแพร่ศิลปวัฒนธรรมอันเป็นเอกลักษณ์ของชาติ และศิลปวัฒนธรรมที่หลากหลายของชุมชนในท้องถิ่น" ดังนั้น สถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ จึงมีภารกิจสำคัญในการจัดการเรียนการสอนทั้งในหลักสูตรปริญญาตรี (ต่อเนื่อง) ปริญญาตรี (4 ปี) และปริญญาตรี (5 ปี) ในคณะวิชา ในห้องเรียนเครือข่ายภูมิภาค และการจัดการศึกษาระดับพื้นฐานวิชาชีพเฉพาะด้านและระดับต่ำกว่าปริญญาตรีในวิทยาลัยนาฏศิลปและวิทยาลัยช่างศิลปรวม 15 แห่งด้วย โดยมีส่วนราชการที่จัดการศึกษาในสังกัดจำนวน 18 แห่ง ตามกฎกระทรวงจัดตั้งส่วนราชการในสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ กระทรวงวัฒนธรรม พ.ศ. 2551 วันที่ 11 เมษายน พ.ศ. 2551[6]

ต่อมา สถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ได้มีนโยบายขยายโอกาสให้แก่บัณฑิตจากสถาบันฯ และสถาบันอื่นที่จะเลือกศึกษาต่อในระดับปริญญามหาบัณฑิตเฉพาะด้านนาฏศิลป์ ดุริยางคศิลป์ คีตศิลป์ และช่างศิลป์ และพัฒนาบุคลากรของสถาบันให้มีความรู้ความเชี่ยวชาญในศาสตร์ด้านศิลปะเพิ่มมากขึ้น เพื่อที่จะได้นำความรู้ที่ได้รับจากการศึกษาต่อไปพัฒนาการจัดการศึกษาแก่หน่วยงานให้มีคุณภาพมากยิ่งขึ้น จึงได้ดำเนินการโครงการจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัยและเริ่มจัดทำหลักสูตรระดับปริญญาโทมาตั้งแต่ปีการศึกษา 2550 ต่อมาในปีการศึกษา 2552 การจัดหลักสูตรศิลปมหาบัณฑิต สาขานาฏศิลป์ไทย และหลักสูตรศิลปมหาบัณฑิต สาขาดุริยางคศิลป์ไทย ได้รับความเห็นชอบจากสภาสถาบันบัณฑิตพัฒนศิลป์ ในการประชุมครั้งที่ 7/2552 วันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2552 และได้รับคำรับรองจากคณะกรรมการการอุดมศึกษาว่าเป็นหลักสูตรที่สอดคล้องกับเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา พ.ศ. 2548 ตามหนังสือที่ ศธ 0506(2)/2249 ในปีการศึกษา 2553 จึงได้เริ่มเปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาโท 2 สาขาวิชา คือ สาขานาฏศิลป์ไทยและสาขาดุริยางคศิลป์ไทย ปีการศึกษา 2558 เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาโทเพิ่มในสาขาวิชาทัศ่นศิลป์ และในปีการศึกษา 2562 ได้เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาเอก ศิลปดุษฎีบัณฑิต ในสาขานาฏศิลปไทย และสาขาดุริยางคศิลปไทย