ในสมัยรัฐบาลจอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์ปี พ.ศ. 2501 ถึง พ.ศ. 2502 ได้เกิดโรคระบาดขึ้นในพระนคร โรคระบาดครั้งนั้นร้ายแรงมาก ได้คร่าชีวิต ของผู้เจ็บป่วยไปมากมาย ในระหว่างนั้น พระบำราศนราดูร ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ได้ดำเนินการควบคุมโรค จนสงบลง ในระหว่างที่มีโรคระบาดร้ายแรงครั้งนั้น ทำให้จอมพลสฤษดิ์ต้องออกตรวจดู การทำงานควบคุมโรคติดต่อเป็นพิเศษทำให้จอมพลสฤษดิ์ได้เห็นว่าโรงพยาบาลโรคติดต่อซึ่งตั้งอยู่บริเวณ ถนนดินแดง ตำบลพญาไท ไม่เหมาะสมเนื่องจาก โรงพยาบาลตั้งอยู่ใกล้เขตชุมชนควรจะย้ายจากแหล่งเดิม เนื่องจากเกรงว่าโรคระบาดอาจจะลุกลามไปยังประชาชนที่อยู่ใกล้เคียงโรงพยาบาลอีกทั้งโรงพยาบาลก็ทรุดโทรม และไม่มีประสิทธิภาพเพียงพอที่จะรับมือกับโรคติดต่อฉุกเฉินหากเกิดขึ้นอีก จอมพลสฤษดิ์จึงสั่งการไปยังกระทรวงสาธารณสุขให้จัดสถานที่ตั้งโรงพยาบาลโรคติดต่อแห่งใหม่ที่เหมาะสมกว่านอกเขตพระนครและให้มีประสิทธิภาพ ที่ดีพอจะรับสถานการณ์ฉุกเฉินทางโรคติดต่อได้

สืบเนื่องจากพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวง กรม พ.ศ. 2545 ทำให้โรงพยาบาลบำราศนราดูร ถูกปรับเปลี่ยนโครงสร้างส่วนราชการตามพระราชบัญญัตินี้ มาเป็น "สถาบันบำราศนราดูร" สังกัดกรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2545