เนื่องในโอกาสฉลองสิริราชสมบัติครบ 50 ปี พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร และเป็นการระลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ผู้ทรงวางรากฐานความเจริญทางการแพทย์ การพยาบาล และการสาธารณสุขของไทย พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร จึงได้พระราชทานพระบรมราชานุญาต ให้เชิญพระนามาภิไธย สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุยเดชวิกรม พระบรมราชชนก เป็นชื่อสถาบันว่า “สถาบันพระบรมราชชนก” เมื่อวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2537 และได้ตราเป็นพระราชกฤษฎีกาฯ ประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่ม 112 ตอนที่ 53 ก วันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2538 สถาบันพัฒนากำลังคนด้านสาธารณสุข จึงเปลี่ยนชื่อเป็น “สถาบันพระบรมราชชนก”[2]

ต่อมาราชกิจจานุเบกษาเล่ม 136 ตอนที่ 43 ก หน้า 50 ได้ประกาศให้ใช้พระราชบัญญัติสถาบันพระบรมราชชนก พ.ศ. 2562[3] โดยให้สถาบันพระบรมราชชนกเป็นสถาบันอุดมศึกษาเฉพาะทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ มีฐานะเป็นนิติบุคคลและเป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณ อยู่ภายใต้สังกัดกระทรวงสาธารณสุข