ในวโรกาสครบรอบ 100 ปี วันพระราชสมภพ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาประชาธิปก พระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว ผู้พระราชทานรัฐธรรมนูญ แก่ปวงชนชาวไทยได้เวียนมาบรรจบเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2536 ศาสตรจารย์มารุต บุนนาค ประธานรัฐสภาในขณะนั้น จึงได้มีคำสั่งรัฐสภาที่ 12/2536 เมื่อวันที่ 7 ธันวาคม พ.ศ. 2536 แต่งตั้งคณะกรรมการศึกษาความเป็นไปได้ในการจัดตั้งสถาบันพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยมี นายวันมูหะมัดนอร์ มะทา รองประธานสภาผู้แทนราษฎรในขณะนั้น เป็นประธานกรรมการพิจารณากำหนดรูปแบบและพิจารณาความเป็นไปได้ในการให้สถาบันนี้สามารถดำเนินกิจการได้ในปี พ.ศ. 2537 ซึ่งคณะกรรมการดังกล่าวได้มีคำสั่งเมื่อวันที่ 13 มกราคม พ.ศ. 2537 แต่งตั้งคณะอนุกรรมการ เพื่อจัดทำโครงร่างงบประมาณแผนงานการจัดตั้ง และกำหนดชื่อสถาบัน และได้เดินทางไปดูกิจการศึกษาเผยแพร่ประชาธิปไตยที่ประเทศสหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมนี พร้อมทั้งได้จัดทำรายงานผลการศึกษาโครงการจัดตั้งสถาบันพระปกเกล้าเสนอ ศาสตราจารย์มารุต บุนนาค ประธานรัฐสภา เมื่อวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2537 และในวันเดียวกันได้มีคำสั่งรัฐสภาที่ 5/2537 ตั้งคณะกรรมการพิจารณาจัดตั้งสถาบันพัฒนาประชาธิปไตยขึ้นในรัฐสภา และได้รับพระราชทานพระบรมราชานุญาตจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ให้เชิญพระนามของพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 7 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ มาเป็นชื่อของสถาบัน และให้ใช้ชื่อภาษาอังกฤษว่า "King Prajadhipok's Institute" ต่อมา ศาสตราจารย์มารุต บุนนาค ประธานรัฐสภา โดยความเห็นชอบของคณะกรรมการข้าราชการฝ่ายรัฐสภา ได้มีประกาศรัฐสภาเรื่องแบ่งส่วนราชการสำนักงานเลขาธิการสภาผู้แทนราษฎร (ฉบับที่ 5) เมื่อวันที่ 19 มกราคม พ.ศ. 2538 ให้จัดตั้งสถาบันพระปกเกล้าขึ้นเป็นส่วนราชการระดับกอง สังกัดสำนัก งานเลขาธิการสภาผู้แทนราษฎร โดยมีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดฝึกอบรม สัมมนา การจัดประชุมวิชาการเกี่ยวกับการปกครองระบอบประชาธิปไตย และการปฏิบัติงานของฝ่ายนิติบัญญัติ การจัดทำเอกสารและสื่อการสอน ตลอดจนเทคโนโลยีด้านการฝึกอบรม งานเตรียมการปรับปรุงสถาบันพระปกเกล้า เป็นหน่วยงานระดับกรมและปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย การดำเนินการของสถาบันให้อาศัยระเบียบการบริหารการศึกษาของสถาบันพระปกเกล้า พ.ศ. 2538 เป็นหลัก โดยมีคณะกรรมการ 2 คณะ คือ คณะกรรมการสถาบันพระปกเกล้า และคณะกรรมการวิชาการสถาบันพระปกเกล้า เป็นผู้ดูแล

ในการดำเนินงานเพื่อยกฐานะสถาบันพระปกเกล้าจากหน่วยงานระดับกอง สังกัดสำนักงานเลขาธิการสภาผู้แทนราษฎร ได้มีคำสั่งที่ 1/2538 เรื่องแต่งตั้งคณะอนุกรรมการเพื่อยกฐานะสถาบันพระปกเกล้าเป็นกรม ลงวันที่ 23 มีนาคม 2538 โดยมี นายชุมพล ศิลปอาชา เป็นประธานคณะอนุกรรมการ

และในคราวประชุมสภาผู้แทนราษฎร ชุดที่ 20 ปีที่ ครั้งที่ 6/2541 (สมัยสามัญนิติบัญญัติ) เมื่อวันพุธที่ 15 กรกฎาคม 2541 ที่ประชุมได้ให้ความเห็นชอบกับร่างพระราชบัญญัติสถาบันพระปกเกล้า พ.ศ. ... ตามที่วุฒิสภาแก้ไขเพิ่มเติม และนำขึ้นทูลเกล้าฯ ลงพระปรมาภิไธยประกาศใช้เป็นกฎหมาย ซึ่งประกาศลงในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 155 ตอนที่ 57 ลงวันที่ 4 กันยายน 2541 มีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 5 กันยายน 2541 เป็นต้นไป โดยมีนายวันมูหะมัดนอร์ มะทา ประธานรัฐสภาเป็นประธานสภาสถาบันพระปกเกล้า คนแรกและมี ศาสตราจารย์ ดร.บวรศักดิ์ อุวรรณโณ เป็นเลขาธิการสถาบันพระปกเกล้าคนแรก (2 มกราคม 2542 - 4 มกราคม 2546) รองศาสตราจารย์นรนิติ เศรษฐบุตร เข้ารับตำแหน่ง เลขาธิการสถาบันพระปกเกล้าคนที่สอง ( 5 กุมภาพันธ์ 2546 - 15 พฤศจิกายน 2549 ) และศาสตราจารย์ ดร.บวรศักดิ์ อุวรรณโณ เข้ารับตำแหน่งเลขาธิการสถาบันพระปกเกล้าอีก 2 วาระ (22 ธันวาคม 2549 - 21 ธันวาคม 2553 และ22 ธันวาคม 2553 - 21 ธันวาคม 2557) และปัจจุบันเลขาธิการสถาบันพระปกเกล้าคนปัจจุบันได้แก่ รองศาสตราจารย์วุฒิสาร ตันไชย [4]