ระยะที่ 1 ปี พ.ศ. 2535 ถึง พ.ศ. 2541  

การทำงานระยะแรกเน้นที่การวิจัยสร้างความรู้ใช้เป็นฐานสำคัญในการพัฒนาระบบสุขภาพ ในมิติต่างๆ

พ.ศ. 2541 เกิดสำนักงานพัฒนานโยบายสุขภาพระหว่างประเทศ (อังกฤษ: International Health Policy Program: IHPP)[5]

ระยะที่ 2 ปี พ.ศ. 2542 ถึง พ.ศ. 2547

สวรส.เน้นหนักสนับสนุนการทำงานวิจัยสร้างความรู้เพื่อสนับสนุนการปฏิรูประบบสุขภาพ   และเสริมสร้างการมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วนในการร่วมปฏิรูประบบสุขภาพในทุกระดับ  นำมาสู่การประกาศใช้สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2550  และการจัดตั้งคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (คสช.)  ซึ่งเป็นกลไกนโยบายใหม่ในระบบสุขภาพไทย รวมทั้ง นำมาซึ่งสมัชชาสุขภาพ  ซึ่งเป็นกลไกที่ทุกภาคส่วนเข้ามามีส่วนร่วมในระบบสุขภาพอย่างเป็นรูปธรรม

พ.ศ. 2542 ก่อตั้งสถาบันพัฒนาและรับรองคุณภาพโรงพยาบาล (อังกฤษ: Hospital Quality Improvement and Accreditation)

พ.ศ. 2543 คณะกรรมการปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (คปรส.)

พ.ศ. 2544 เกิดสำนักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) จากงานวิจัยพัฒนานโยบายส่งเสริมสุขภาพ

พ.ศ. 2544 ทำการวิจัยและพัฒนารูปแบบการบริหารจัดการโรงพยาบาลในรูปแบบองค์การมหาชน โดยเริ่มนำร่อง 1 แห่ง ที่โรงพยาบาลบ้านแพ้ว จังหวัดสมุทรสาคร

พ.ศ. 2544 พัฒนาระบบประเมินผลกระทบด้านสุขภาพ (อังกฤษ: Impact Assessment: HIA) เป็นครั้งแรก

พ.ศ. 2545  มีพระราชบัญญัติหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545

ระยะที่ 3 ปี พ.ศ. 2548 ถึง พ.ศ. 2550

พ.ศ. 2548 เกิดสำนักงานวิจัยเพื่อการพัฒนาหลักประกันสุขภาพไทย (สวปก.)

พ.ศ. 2548 จัดตั้งสถาบันสร้างเสริมสุขภาพคนพิการ (สสพ.)

พ.ศ. 2550 มีการประกาศใช้ พระราชบัญญัติสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2550

พ.ศ. 2550 เกิดแผนยุทธศาสตร์ชาติการพัฒนาภูมิปัญญาไทย และการก่อตั้งสถาบันสุขภาพวิถีไทย

พ.ศ. 2550 จัดตั้งแผนงานความร่วมมือภูมิภาคเอเซียการวิจัยโรคติดเชื้ออุบัติใหม่อุบัติซ้ำ[6](อังกฤษ: Asia Partnership on Emerging Infectious Disease Research: APEIR)

พ.ศ. 2550 ร่วมจัดทำแผนยุทธศาสตร์กำลังคนด้านสุขภาพแห่งชาติ (อังกฤษ: Strategic National Plan on Human Resources for Health)

พ.ศ. 2550 ตั้งสถาบันพัฒนาการคุ้มครองการวิจัยในมนุษย์(สคม.)[7]

ระยะที่ 4 ปี พ.ศ. 2551 ถึง พ.ศ. 2556

ในช่วง 3 ปีแรก หลังจากมี พ.ร.บ.สุขภาพฯ สวรส.ได้ทำงานวิชาการเพื่อสานต่อและทำให้ประเด็นต่าง ๆ ที่บัญญัติไว้ใน พ.ร.บ.สุขภาพฯ เป็นมรรคผล ไม่ว่าจะเป็น การสร้างความรู้สนับสนุนการจัดทำธรรมนูญว่าด้วยสุขภาพแห่งชาติ หรือการทำงานวิชาการเพื่อสนับสนุนการตัดสินใจเชิงนโยบายของคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ เป็นต้น

และตั้งแต่ปี พ.ศ. 2554 เป็นต้นมา สวรส. ได้ปรับตัวและปรับบทบาทหน้าที่ หันมาเน้นหนักที่ “การจัดการความรู้สู่ระบบสุขภาพที่ยั่งยืน” ด้วยเห็นว่าภารกิจการสร้างความรู้สาขาเฉพาะต่าง ๆ มีหน่วยงานใหม่ที่มีศักยภาพเข้ามาดูแล สวรส.จึงขันอาสาที่จะเป็นแกนประสานและจัดการให้เกิดการนำเอาความรู้และวิทยาการต่าง ๆ นั้น มาจัดการให้เกิดประโยชน์ ให้เกิดการตัดสินใจในการพัฒนาระบบสุขภาพบนฐานความรู้ และสนับสนุนให้ระบบมีความเป็นธรรมและยั่งยืนยิ่งขึ้น

พ.ศ. 2551 ต่อยอดและขยายผลแผนงานการพัฒนางานประจำสู่งานวิจัย R2R (อังกฤษ: Routine to Research Program)

พ.ศ. 2552 แผนงานวิจัยและพัฒนาระบบยา (อังกฤษ: Pharmacy System Research Network: PSRN)

พ.ศ. 2553 จัดตั้งสำนักงานพัฒนาระบบการเงินการคลังด้านสุขภาพแห่งชาติ

พ.ศ. 2554 จัดตั้งศูนย์พัฒนากลุ่มโรคร่วมไทย(ศรท.)[8]

พ.ศ. 2555 จัดตั้งศูนย์พัฒนามาตรฐานระบบข้อมูลสุขภาพไทย(ศมสท.)[9]

ระยะที่ 5 พ.ศ. 2557 - ปัจจุบัน

ระยะนี้เป็นช่วงเริ่มต้นของการดำเนินงานภายใต้วิสัยทัศน์ "องค์กรขับเคลื่อนความรู้สู่ระบบสุขภาพที่สมดุลและยั่งยืน  เพื่อสุขภาพดีและชีวิตที่ยืนยาวของประชาชน"  โดยมียุทธศาสตร์ที่สำคัญคือ 1.ส่งเสริมและสนับสนุนการวิจัยที่มีความสำคัญต่อระบบสุขภาพ  2.เสริมสร้างสมรรถนะนักวิจัยด้านสุขภาพ และพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานเพื่อรองรับการเปลี่ยนแปลงของโลกอนาคต  3.พัฒนาระบบบริหารจัดการงานวิจัยแบบครบวงจร โดยคำนึงถึงผู้มีส่วนได้ส่วนเสียที่เกี่ยวข้อง  4.บริหารจัดการงานวิจัยสู่การใช้ประโยชน์เชิงพาณิชย์ และเชิงนโยบายสาธารณะเพื่อพัฒนาระบบสุขภาพได้อย่างยั่งยืน

รวมทั้งมีเป้าหมายและตัวชี้วัดที่เป็นรูปธรรม  อาทิเช่น  การสร้างผลงานวิจัยที่ลดปัจจัยเสี่ยงที่เป็นสาเหตุการตาย 3 อันดับแรกของกลุ่มอายุต่างๆ   การนำผลงานวิจัยเชิงปฏิบัติการไปพัฒนาระบบเครือข่ายบริการระดับเขตบริการสุขภาพให้มีความยั่งยืน   การเพิ่มจำนวนนักวิจัยและผลงานวิจัยที่มีคุณภาพ   การมีระบบสารสนเทศที่บูรณาการงานวิจัย นักวิจัย และเครือข่ายในระบบสุขภาพ

โดยงานวิจัยต่างๆ เน้นการสร้างองค์ความรู้ที่ครอบคลุมทุกมิติในระบบสุขภาพ ไม่ว่าจะเป็น  ด้านการคลังสุขภาพ  ด้านกำลังคน  ด้านการแพทย์/เทคโนโลยีการแพทย์  ด้านระบบสารสนเทศด้านสุขภาพ  ด้านโครงสร้างพื้นฐาน  ด้านกฎหมาย / ข้อบังคับ  ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการขับเคลื่อนระบบสุขภาพ เพื่อแก้ปัญหาสุขภาพคนไทย ผ่านงานวิจัยต่างๆ ตัวอย่างเช่น  งานวิจัยปฏิรูปบทบาทกระทรวงสาธารณสุขตามนโยบายเขตสุขภาพ  งานวิจัยมุ่งเป้าด้านสุขภาพและชีวเวชศาสตร์สู่การใช้ประโยชน์เชิงพาณิชย์  งานวิจัยลดปัจจัยเสี่ยงทางด้านสุขภาพ เพื่อนำไปสู่การลดสาเหตุการตาย  การวิเคราะห์อัตรากำลังบุคลากรสาธารณสุข  งานวิจัยระบบยา ฯลฯ