ในปี พ.ศ. 2537 สภาวิจัยแห่งชาติ ได้มีการศึกษาความเป็นไปได้ของการสร้างเครื่องกำเนิดแสงซินโครตรอนในประเทศไทย โดยมีการแต่งตั้งคณะทำงาน จำนวน 15 คน เพื่อร่างโครงการสร้างเครื่องกำเนิดแสงซินโครตรอนของประเทศไทย กระทั่งเมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2539 คณะรัฐมนตรีได้มีมติอนุมัติโครงการแสงสยาม และการก่อตั้งศูนย์ปฏิบัติการวิจัยเครื่องกำเนิดแสงซินโครตรอนแห่งชาติขึ้น

ต่อมาเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2551 ได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสถาบันวิจัยแสงซินโครตรอน (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2551 เป็นผลให้ศูนย์ปฏิบัติการวิจัยเครื่องกำเนิดซินโครตรอนแห่งชาติ ได้รับการยกฐานะเป็น องค์การมหาชน ภายใต้การกำกับดูแลของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี[3] ปัจจับันเปลี่ยนชื่อเป็น กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม