หลังจากที่ก่อตั้งมาได้เพียง 5 ปี สถาบันวิทยสิริเมธี ได้รับการจัดอันดับจาก Nature Index ให้เป็นมหาวิทยาลัยอันดับ 1 ของประเทศไทย ที่มีผลงานวิจัยชั้นเลิศในทุกสาขาวิชาด้านวิทยาศาสตร์ธรรมชาติ และเป็นอันดับ 4 ของภูมิภาคอาเซียน ซึ่งมีเพียงแค่มหาวิทยาลัยของประเทศสิงคโปร์เท่านั้นที่มีอันดับสูงกว่า รวมถึงอันดับ 1 ของประเทศไทย ในสาขาวิชาเคมี[3] สถาบันวิทยสิริเมธี ยังถูกจัดอันดับให้เป็นมหาวิทยาลัยอันดับที่ 12 ของโลก ในหมวดของมหาวิทยาลัยที่มีอายุน้อยกว่า 30 ปีอีกด้วย[4]