สถาบันเกษตราธิการ เดิมมีชื่อว่า สถาบันพัฒนาผู้บริหารการเกษตรและสหกรณ์ ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 15 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2535

ทั้งนี้สถาบันพัฒนาผู้บริหารการเกษตรและสหกรณ์ในขณะนั้น ทำหน้าที่ ฝึกอบรม และพัฒนานักบริหารการเกษตรสมัยใหม่ ที่เน้นรูปแบบการบริหารแบบผสมผสานเป็นสำคัญ และสอดคล้องกับแนวความคิดที่จะปฏิรูปทัศนคติของข้าราชการ จากการเป็นข้าราชการสังกัดกรม ไปสู่การเป็นข้าราชการของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์อย่างแท้จริง

จนกระทั่งในวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2545 สถาบันพัฒนาพัฒนาผู้บริหารการเกษตรและสหกรณ์แห่งนี้ ได้มีการปรับปรุงโครงสร้าง บทบาทหน้าที่และภารกิจใหม่ ตามนโยบายของรัฐบาลขณะนั้น อันมีนโยบายการบริหารปรับเปลี่ยนและการปฏิรูประบบราชการ จนกระทั่งเปลี่ยนชื่อเป็น "สถาบันเกษตราธิการ" นั่นเอง

ทั้งนี้ "สถาบันเกษตราธิการ" มีหน้าที่เพื่อทำการศึกษา วิจัย เพื่อพัฒนาระบบ รูปแบบ และยุทธศาสตร์ ในการบริหารพัฒนาข้าราชการของ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และเป็นองค์กรในการบริการทางด้านวิชาการและเทคโนโลยีที่เกี่ยวข้อง เพื่อพัฒนาข้าราชการ ระดับสูง และทรัพยากรบุคคลของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์