สถาบันเพื่อการยุติธรรมแห่งประเทศไทย ตั้งขึ้นมาจากโครงการ ELFI (enhancing lives of female inmates project) ในสังกัดสำนักงานกิจการยุติธรรม กระทรวงยุติธรรม ซึ่งเป็นโครงการในพระราชดำริของสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าพัชรกิติยาภา นเรนทิราเทพยวดี กรมหลวงราชสาริณีสิริพัชร มหาวัชรราชธิดา ซึ่งทรงเล็งเห็นถึงความสำคัญเกี่ยวกับความอ่อนไหวทางเพศชาย–หญิงของผู้ถูกคุมขังในเรือนจำ พระองค์จึงได้ริเริ่มโครงการดังกล่าวขึ้นมาเพื่อยกระดับคุณภาพชีวิตของผู้ต้องขังหญิงในเรือนจำซึ่งกลุ่มผู้ต้องขังหญิงเปรียบเสมือนกลุ่มบุคคลที่ถูกลืมจากสังคมเนื่องจากมีจำนวนที่น้อย โดยพระองค์ภาได้ร่วมกับคณะผู้เชี่ยวชาญทางกฎหมาย และกลุ่มสิทธิมนุษยชนในการร่างกฎการปฏิบัติต่อผู้ต้องขังหญิง และมาตรการที่มิใช่การคุมขังสำหรับผู้กระทำผิดหญิงขึ้น และในท้ายที่สุดพระองค์ได้ทรงผลักดันกฎการปฏิบัติกล่าวนี้จนประสบความสำเร็จ ก้าวขึ้นไปสู่เวทีระดับโลกและได้รับความยอมรับจากสหประชาติในชื่อที่เรียกว่า ข้อกำหนดกรุงเทพ (The Bangkok Rules)

นอกจากนี้ TIJ ยังได้รับการยอมรับในระดับนานาชาติในฐานะหน่วยงานที่มีความเป็นเลิศด้านการวิจัยและมีศักยภาพด้านการป้องกันอาชญากรรม การพัฒนากระบวนการยุติธรรมทางอาญา และส่งเสริมหลักนิติธรรม โดยในวันที่ 24 พฤษภาคม 2559 สำนักงานว่าด้วยยาเสพติดและอาชญากรรมแห่งสหประชาชาติ (United Nations Office on Drugs and Crime – UNODC) ได้รับรองสถานะให้ TIJ เป็นสถาบันเครือข่ายแผนงานสหประชาชาติด้านการป้องกันอาชญากรรมและความยุติธรรมทางอาญา (United Nations Programme Network Institutes – PNIs) โดยเป็นสถาบัน PNI ลำดับที่ 18 ของโลก และเป็นสถาบันแรกของภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่ได้เข้าร่วมเป็นสมาชิกของ PNI