สถาบันแคโรลินสกา มีชื่อเดิมว่า Royal Caroline Institute [8] ก่อตั้งช่วงระหว่างปี ค.ศ. 1810 - 1811 จุดประสงค์เพื่อฝึกหัดศัลยแพทย์สำหรับกองกำลังกลาโหมสวีเดน ชื่อเดิมเมื่อก่อตั้งคือ " Medico - Chirurgiska institutet " ( Chirurg (ชีรูก) : ศัลยศาสตร์ ) เมื่อปี 1817 ได้มีการเติมคำว่า 'Karolinska' เพื่อระลึกถึง 'Karoliner' ซึ่งเป็นกลุ่มทหารของกษัตริย์ ชาร์ล หรือ คาร์ล ที่ 13 ดังนั้นสถาบันแห่งนี้จึงมีชื่อเต็มว่า Kung Karolinska Medico-Chirurgiska Institutet ในปี ค.ศ. 1968 ได้เปลี่ยนชื่อใหม่ เหลือเพียง Karolinska Intitutet [9]

สถาบันแคโรลินสกาได้มีการเฉลิมฉลองการก่อตั้งครบ 200 ปีในปี ค.ศ.2010 (พ.ศ. 2553)