นายสถาพร มณีรัตน์ เข้ารับการศึกษาชั้นประถมศึกษา ที่โรงเรียนบ้านสันทราย ตำบลบ้านธิ อำเภอบ้านธิ จังหวัดลำพูน ต่อมาได้เข้าศึกษาต่อชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นที่โรงเรียนจักรคำคณาทร และเข้าศึกษาต่อในสายอาชีวศึกษา (ปวช.) ที่วิทยาลัยเทคนิคลำพูน และระดับชั้น ปวส. ที่วิทยาลัยเทคนิคลำปาง จากนั้นได้ศึกษาจนสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สาขานิติศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช และปริญญาโท รัฐศาสตรมหาบัณฑิต สาขารัฐศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์