ภาพตัดขวางของสมองส่วนกลางที่ระดับซุพีเรียร์ คอลลิคูลัสแสดงเรด นิวเคลียส นิวเคลียสของเส้นประสาทกล้ามเนื้อตารวมทั้งเอดิงเงอร์-เวสท์ฟัล นิวเคลียส (Edinger-Westphal nucleus) รวมทั้งซับสแตนเชีย ไนกรา

ซับสแตนเชีย ไนกรายังปรากฏในภาพตัดขวางที่ระดับอินฟีเรียร์ คอลลิคูลัส นอกจากนี้ที่ระดับนี้ยังมีนิวเคลียสของเส้นประสาททรอเคลียร์ และเส้นทางไขว้ทแยงของฐานซีรีเบลลัม (superior cerebellar peduncles)

ท่อน้ำสมองวิ่งผ่านตลอดความยาวของสมองส่วนกลาง เชื่อมระหว่างโพรงสมองที่สามและโพรงสมองที่สี่