ในพ.ศ. 2006 พระบรมราชา (เจ้าพระยาญาติ) ได้ทรงเวนคืนราชสมบัติแก่พระโอรสเจ้าพระยากามะโคตร ขึ้นครองราชย์เป็นพระนารายณ์ราชา ส่วนองค์พระบรมราชาเองทรงดำรงพระยศเป็นพระมหาอุปยุวราชและสวรรคตในปีเดียวกัน รัชสมัยของพระนารายณ์ราชาพระพุทธศาสนาเถรวาทรุ่งเรื่อง เพราะเป็นพระศาสนูปถัมภก ทรงสร้างวัดต่าง ๆ มากมายในเขมร แต่พระนารายณ์ราชาทรงแต่งตั้งพระอนุชาพระศรีราชาขึ้นเป็นพระมหาอุปราช ทำให้พระโอรสของพระนารายณ์ราชา คือ พระนารายณ์ราม ไม่พอใจและก่อการกบฏต่อพระราชบิดา[1] ยึดได้หัวเมืองต่าง ๆ ทางใต้ของอาณาจักร พระราชบิดาพระนารายณ์ราชาได้ทรงนำทัพเข้าปราบ พระนารายณ์รามจึงสงบไปช่วงหนึ่ง เมื่อพระนารายณ์ราชาสวรรคต พระศรีราชาก็เถลิงราชสมบัติเป็นกษัตริย์เขมร และตั้งพระอนุชาเจ้าพระยาธรรมราชาเป็นพระมหาอุปราช พระนารายณ์รามเห็นดังนั้นจึงประกอบพีธีราชาภิเษกขึ้นบ้างที่เมืองศรีสุนทร เป็นพระศรีสุริโยไทยราชา พระศรีราชาจึงนำทัพเข้าห้ำหั่นกับพระนัดดา พระยาธรรมราชามหาอุปราช ก็ฉวยโอกาสตั้งตัวเองเป็นกษัตริย์เช่นกัน พระนามว่า พระบาทสมเด็จพระธรรมราชาธิราชรามาธิบดี จึงเกิดเป็นสงครามกลางเมืองสามฝ่าย

บังเอิญว่า สมเด็จพระธรรมราชาธิราชฯ มีพระราชมารดาเป็นชาวอยุธยา และรู้จักกับพระยาเดโช ข้าราชการทางฝ่ายกรุงศรีฯ พระยาเดโชได้กราบทูลขอพระเจ้ากรุงศรีอยุธยา (สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ) ให้ส่งทัพมาช่วยปราบขบถในอาณาจักรเขมร ทัพกรุงศรีฯ จึงบุกเข้ามาในเขมรในพ.ศ. 2011 ตีทัพของทั้งพระศรีราชาและพระศรีสุริโยไทยแตกพ่าย จับองค์กษัตริย์เขมรทั้งสองกลับไปกรุงศรีอยุธยา เหลือเพียงพระธรรมราชาธิราชฯ เป็นเอกกษัตริย์แห่งกัมพูชาต่อไป

พระธรรมราชาธิราชฯ มีพระโอรสกับพระอรรคมเหสี คือ สมเด็จเจ้าพระยางามขัตติยราช และมีพระโอรสกับพระสนมคือ เจ้าพระยาจันทราชา เมื่อพระธรรมราชาธิราชฯ สวรรคตแล้ว สมเด็จเจ้าพระยางามขัตติยราชก็ขึ้นครองราชสมบัติต่อเป็น สมเด็จพระศรีสุคนธบทฯ ทรงย้ายราชธานีไปที่เมืองปาสาณ ครองราชย์ได้ 9 พรรษาก็ทรงถูกพระเจ้าบุตรเขย ขุนหลวงสมุหเสนาบดีชื่อว่า เสด็จกัน (Sdech Kan) จับไปสำเร็จโทษที่แม่น้ำสะตึงแสนในพ.ศ. 2059 พร้อมกับตั้งตนเป็นเจ้า พระนามว่า พระศรีไชยเชษฐาธิราช พระยาจันทราชาเสด็จหนีไปยังกรุงศรีอยุธยา แล้วกราบทูลขอทัพจากสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 เพื่อกลับมาชิงราชบัลลังก์คืนจากเสด็จกันในพ.ศ. 2063 ทรงตั้งค่ายอยู่ที่เมืองอมราวดีจันทบูร (น่าจะเป็นป้อมฝรั่งป้อมหนึ่ง) บรรดามุขมนตรีเชื้อพระวงศ์ต่าง ๆ พากันเรียกร้องให้พระจันทราชาทรงประกอบพิธีราชาภิเษกเป็น สมเด็จพระบรมราชาที่ 3 จนในพ.ศ. 2069 ได้ยกทัพกรุงศรีฯ ไปรบกับเสด็จกัน เสด็จกันสิ้นพระชนม์ในที่รบ

เมื่อปราบเสด็จกันได้แล้ว สมเด็จพระบรมราชาทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้หล่อพระพุทธรูปอัฐรัศประดิษฐานไว้ที่เมืองอมราวดีจันทบูร โดยทรงตั้งชื่อเมืองใหม่ว่า เมืองบันทายมีชัย แล้วก็ทรงสร้างราชธานีใหม่ คือ เมืองละแวก