นับแต่เริ่มจัดตั้งสวนพฤกษศาสตร์ สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ได้เคยเสด็จพระราชดำเนินทอดพระเนตรความก้าวหน้าในการดำเนินงานขององค์การฯ หลายครั้ง ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชเสาวนีย์แก่ผู้อำนวยการองค์การสวนพฤกษศาสตร์ และคณะผู้บริหารองค์การฯ ในหลายโอกาสความสรุปได้ดังนี้

• พัฒนาพื้นที่ให้มีความสวยงาม เป็นสถานที่ศึกษาและให้ความรู้แก่นักเรียนและเยาวชน
• ให้เป็นศูนย์รวมพรรณไม้ไทย จากท้องถิ่นทุกภาคของประเทศ เพื่อจะได้เป็นที่รู้จักเพราะคนไทยได้มองข้ามความสำคัญของทรัพยากรธรรมชาติที่มีอยู่ ไม่รู้จักพืช ทำให้ไม่สามารถนำศักยภาพของพืชชนิดต่าง ๆ มาใช้ประโยชน์ได้อย่างเต็มที่
• ช่วยสร้างความเจริญให้แก่ชุมชนและท้องถิ่นให้มีรายได้ มีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้นโดยสนับสนุนการใช้ประโยชน์จากพืชเศรษฐกิจ พืชอาหาร พืชสมุนไพร และไม้ดอก  ไม้ประดับ ฯลฯ รวมถึงการเพาะเลี้ยงขยายพันธุ์กล้วยไม้ไทยหายากแล้วปล่อยคืนสู่ป่าให้อยู่ในสภาพธรรมชาติตามเดิม
• ศึกษาภูมิปัญญาท้องถิ่นและพืชพื้นบ้านที่ชาวบ้านนำมาใช้ประโยชน์ในชีวิตประจำวัน ให้ได้ข้อมูลที่ถูกต้องชัดเจน แล้วเผยแพร่ความรู้แก่ราษฎรในชนบทให้สามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้ และสอนให้มีความเข้าใจในความสำคัญของป่าว่าเป็นทั้งแหล่งต้นน้ำลำธาร ช่วยรักษาสมดุลของธรรมชาติ และยังเป็นธนาคารอาหารของมนุษย์ที่ไม่รู้จักหมดสิ้นอีกด้วย
• ให้สวนพฤกษศาสตร์ฯ เป็นแหล่งอนุรักษ์ธรรมชาติที่สำคัญ เป็นตัวอย่างให้เยาวชนได้ตระหนักถึงความสำคัญของทรัพยากรพรรณพืชไทย