ที่มาของโครงการเริ่มต้นเมื่อ พ.ศ. 2550 ในสมัยอภิรักษ์ โกษะโยธิน เป็นผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร โดยมีแนวคิดจะพัฒนาพื้นที่คลองสาทรและคลองช่องนนทรีให้เป็นพื้นที่สีเขียว ใช้คลองช็องกเยช็อนในกรุงโซล ประเทศเกาหลีใต้ เป็นต้นแบบ แต่ไม่สามารถทำได้เนื่องจากติดเรื่องงบประมาณ จากนั้นได้ศึกษาและทำประชาพิจารณ์กับประชาชนในพื้นที่จากการสุ่มตัวอย่างประชาชน 700 คน เมื่อ พ.ศ. 2554, 2559, 2560 และ 2562 โดยผลสำรวจมากกว่าร้อยละ 90 เห็นด้วยกับการพัฒนาโครงการคลองช่องนนทรี จนได้เริ่มก่อสร้างในสมัยอัศวิน ขวัญเมือง เป็นผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร[1]