หลังจากการตีพิมพ์ครั้งแรก เนื้อเรื่องก็ถูกจัดใหม่ให้เป็น 12 บรรพ บรรพละบท ตามแบบอย่างมหากาพย์แอเนียดของเวอร์จิล ความยาวของหนังสือแต่ละบรรพไม่เท่ากัน บรรพที่ยาวที่สุดคือเล่ม 9 มีความยาว 1189 บรรทัด บรรพที่สั้นที่สุดคือบรรพ 6 มีความยาว 640 บรรทัด ในฉบับปรับปรุงครั้งที่สอง เนื้อหาแต่ละเล่มจะขึ้นต้นด้วยการสรุปความ ภายใต้หัวข้อว่า "The Argument" รูปแบบการประพันธ์บทกวีเป็นแบบมหากาพย์ซึ่งมักขึ้นต้นด้วย in medias res (คำภาษาละติน หมายถึง "ท่ามกลางเรื่องราวที่เกิดขึ้น") สำหรับภูมิหลังของเรื่องปรากฏอยู่ในเล่ม 5-6

เนื้อเรื่องของมิลตันประกอบด้วยสองส่วนใหญ่ๆ ส่วนหนึ่งคือเรื่องของซาตาน (ลูซิเฟอร์) อีกส่วนหนึ่งคือเรื่องของอาดัมกับอีฟ เรื่องของซาตานเป็นโครงหลักของมหากาพย์ คือภาพของสงครามทั้งหมด เริ่มต้นเมื่อซาตานกับบรรดาทูตสวรรค์ที่คิดกบฏทั้งหลายถูกพระเป็นเจ้าปราบและขับไล่ลงไปอยู่ในนรก หรือที่ในบทกวีเรียกว่า ทาร์ทะรัส เมืองหลวงในดินแดนนั้นชื่อ Pandæmonium ซาตานใช้ความสามารถทางโวหารของตนเกลี้ยกล่อมบรรดาผู้ติดตามของเขา โดยมีผู้ช่วยคือ แมมมอน และ บีลเซบับ บทกวียังกล่าวถึง เบเลียล และ โมลอค ด้วย ในตอนท้ายของการโต้ตอบครั้งนี้ ซาตานอาสาตนเองมาวางยาพิษดินแดนที่เพิ่งสร้างใหม่ คือ โลก เขาฝ่าผจญอันตรายในห้วงเหวเพียงลำพัง ในลักษณะคล้ายคลึงกับการผจญภัยของโอดิซูสหรืออีเนียส

สำหรับเรื่องของอาดัมกับอีฟที่โดนล่อลวงและตกสู่ความผิดบาปนั้นแตกต่างจากตำนานดั้งเดิมอย่างมาก นับเป็นครั้งแรกในวรรณกรรมคริสต์ศาสนาที่อาดัมกับอีฟมีความสัมพันธ์ต่อกันตั้งแต่ยังไม่มีความผิดบาปเกิดขึ้น พวกเขามีความปรารถนา มีบุคลิกภาพ และมีเพศสัมพันธ์ ซาตานสามารถล่อลวงอีฟสำเร็จโดยอาศัยกิเลสของเธอและวาจาอันเย้ายวน ขณะที่อาดัม ผู้ทราบว่าอีฟได้ทำผิดบาปแล้ว เขายอมรับความบาปเดียวกันนั้นโดยร่วมรับประทานผลไม้ด้วย จากเหตุการณ์นี้มิลตันได้สร้างบทบาทวีรบุรุษให้แก่อาดัม ขณะเดียวกันเขาก็มีความบาปที่ลึกล้ำกว่าอีฟ หลังจากรับประทานผลไม้แล้ว ทั้งสองมีเพศสัมพันธ์ต่อกันด้วยตัณหา ซึ่งเป็นทั้งประสบการณ์ใหม่และความรู้สึกที่ไม่ดี โดยเฉพาะอย่างยิ่งด้วยความรู้สึกสำนึกผิดและความละอาย ต่างฝ่ายต่างซัดโทษความผิดให้กัน อย่างไรก็ดีคำแก้ต่างของอีฟก็ช่วยให้ทั้งสองคืนดีกันดังเดิม ส่วนที่สำคัญกว่านั้นคือความกล้าหาญของเธอที่ทำให้ทั้งสองเข้าไปเฝ้าพระเป็นเจ้า และ "น้อมคำนับและคุกเข่าขอรับโทษ" ด้วยหวังจะได้รับความกรุณาจากพระองค์ อาดัมได้เดินทางผ่านนิมิตไปกับทูตสวรรค์องค์หนึ่งและมองเห็นสิ่งที่เกิดขึ้นจากความผิดบาปของมนุษย์ รวมทั้งเหตุการณ์น้ำท่วมครั้งใหญ่ เขารู้สึกเศร้าเสียใจต่อความผิดบาปที่พวกเขาสร้างขึ้นเนื่องจากการรับประทานผลไม้ อย่างไรก็ดี เขาก็ยังมีความหวัง จากการไถ่บาปโดยพระเยซูคริสต์ที่เขาเห็นในนิมิต หลังจากนั้นคนทั้งสองก็ถูกขับไล่จากสวนอีเดน ไมเคิล หัวหน้าทูตสวรรค์ได้กล่าวแก่อาดัมว่า เขาจะได้พบ "สวนสวรรค์ในตัวเจ้าที่เปี่ยมสุขยิ่งกว่า" ("A paradise within thee, happier far.") บัดนี้คนทั้งสองจึงอยู่ห่างไกลจากพระเป็นเจ้า แม้พระองค์จะดำรงอยู่ในทุกสิ่ง แต่ก็ไม่อาจมองเห็น (ไม่เหมือนกับพระบิดาผู้สามารถสัมผัสได้ในสวนอีเดน)