นายสวัสดิ์ วัฒนายากร เริ่มรับราชการเป็นนายช่างโท กองช่างกล กรมชลประทาน เมื่อปี พ.ศ. 2506 จนได้รับตำแหน่งสำคัญหลายตำแหน่งอาทิ เป็นผู้อำนวยการกองเครื่องจักรกล เป็นวิศวกรใหญ่ฝ่ายเครื่องกล เป็นผู้ตรวจราชการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เป็นรองปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และตำแหน่งสุดท้าย คือ อธิบดีกรมชลประทาน จนเกษียณอายุราชการ ในปี พ.ศ. 2538

หลังจากนั้น ได้เข้ารับตำแหน่งในองค์กรต่างๆ อาทิ กรรมการกฤษฎีกาวินิจฉัยร้องทุกข์ ตุลาการศาลปกครองสูงสุด นายกสมาคมนักเรียนเก่าสหรัฐอเมริกา และกรรมการมูลนิธิชัยพัฒนา

ได้รับพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งองคมนตรี เมื่อวันที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2545[1] และดำรงตำแหน่งจนกระทั่งวาระสุดท้ายของชีวิต