มิชชันนารีคณะแบปทิสต์จากสหรัฐอเมริกาเข้ามาทำการประกาศข่าวดีในประเทศไทยตั้งแต่ปี พ.ศ. 2376 (ค.ศ. 1833) และตั้งคริสตจักรไมตรีจิตขึ้นในปี ค.ศ. 2380 นับเป็นคริสตจักรแบปทิสต์แห่งแรกในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ เมื่อคณะแบปทิสต์ในสหรัฐแตกออกเป็นสองคณะ กิจการของคณะแบ๊บติสต์เดิมย้ายไปสังกัดสภาคริสตจักรในประเทศไทยซึ่งเป็นของคณะเพรสไบทีเรียน ในปี พ.ศ. 2492 (ค.ศ. 1949) คณะแบ๊บติสต์ภาคใต้ (Southern Baptist Convention) จึงส่งมิชชันนารีมา 13 ครอบครัว เพื่อริเริ่มพันธกิจแบ๊บติสต์ในประเทสไทยอีกครั้ง ใน 5 ปีแรก สามารถตั้งคริสตจักรได้ถึง 7 แห่ง[2]

พันธกิจของคณะแบ๊บติสต์ได้ขยายอย่างรวดเร็ว เกิดคริสตจักรและหน่วยงานเป็นจำนวนมากในภูมิภาคต่าง ๆ จึงได้ตั้ง “มูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์” ขึ้นและได้รับอนุญาตจัดตั้งเป็นนิติบุคคลเมื่อวันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2504[3] ต่อมาในปี พ.ศ. 2513 (ค.ศ. 1970) มีการปฏิรูประบบการทำงานโดยให้แบ๊บติสต์ชาวไทยได้บริหารงานร่วมกับมิชชันนารีต่างชาติ[4] แล้วจัดตั้งสหคริสตจักรแบ๊บติสต์ในประเทศไทยขึ้นในปี พ.ศ. 2514 (ค.ศ. 1971) ต่อมาในปีพ.ศ. 2520 มูลนิธิคริสตจักรแบ๊บติสต์ได้รับรองจากกรมการศาสนา และในปีพ.ศ. 2545 มูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์ได้มอบหมายให้สหคริสตจักรแบ๊บติสต์ในประเทศไทย เป็นผู้แทนในการดำเนินการประสานงานด้านศาสนา ในนามของมูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์ เพื่อเป็นการแบ่งเบาภารกิจที่มีมากขึ้นตามลำดับ จนถึงปัจจุบัน[1]