ธงนี้เริ่มใช้ในศตวรรษที่ 12 เป็นสัญลักษณ์หมีเช่นเดียวกับเมือง Appenzell เพราะมีการออกรบแย่งดินแดนเหมือนกัน เมืองนี้ได้มีการเปลี่ยนแปลงสัญลักษณ์มาโดยตลอด แต่แต่ละแบบก็ได้ใช้แค่เพียงช่วงเวลาสั้นๆ จนในที่สุดก็ได้กลับมาใช้แบบเดิม ชื่อของหมีบนธงนี้มีชื่อเดียวกับเมือง ซึ่งก็คือ Bern