สาธารณรัฐบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา ในช่วงแรก ปกครองโดยระบบสาธารณรัฐ มีอำนาจการปกครอง 3 ฝ่าย คือ รัฐบาล รัฐสภา และ ตุลาการ แต่อำนาจของสาธารณรัฐมักถูกครอบงำโดยระบอบทหาร เนื่องจากสภาพสงคราม ทำให้ในคณะรัฐบาลกองทัพแทบจะมีบทบาทในการบริหารประเทศ ร่วมกับ คณะรัฐบาล

ในช่วงแรกของสาธารณรัฐ สาธารณรัฐปกครองโดยสองชนชาติ คือ ชาวบอสนีแอก และ ชาวโครแอต แต่ในกลางปี ค.ศ.1992 ชาวโครแอท ก่อการแบ่งแยกดินแดน ทำให้ระบบพหุสังคมล่มสลายเหลือเพียงชาวบอสนีแอก และในช่วงปี ค.ศ.1993 สาธารณรัฐ ก็ประกาศ สถาปนาเป็นสาธารณรัฐอิสลาม(Republika Islamska) เนื่องจากเหลือเพียงชาวมุสลิม ที่เป็นประชากรของสาธารณรัฐ สาธารณรัฐจึงประกาศตัวเป็น สาธารณรัฐอิสลาม

1 มีนาคม ปี ค.ศ.1994 หลังสนธิสัญญาวอชินตัน สาธารณรัฐก็รวบประชาคมเฮิร์ตเซโก-บอสเนีย ซึ่งเคยพยายามแบ่งแยกดินแดน มาเข้าเป็นส่วนหนึงของสาธารณรัฐตามสนธิสัญญากับโครเอเชีย ที่ให้ชาวโครแอทในบอสเนีย เป็นประชากรของสาธารณรัฐ ทำให้สาธารณรัฐต้องสละความเป็นสาธารณรัฐอิสลาม เพื่อจัดตั้งรัฐพหุสังคม และสร้างพื้นฐานของรัฐชาติ บอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาใหม่ ซึ่งจะเป็นรัฐพหุสังมปกครองโดยระบบสมาพันธรัฐในทางพฤตินัย