โครงสร้างสูงสุดของสาธารณรัฐคือประธานาธิบดีแห่งเวสเทิร์นสะฮารา ปัจจุบันคือ นาย บราฮีม กาลี และนายกรัฐมนตรีคนปัจจุบันคือ อับดุลกาเดร์ ตาเลบ อูมัร โครงสร้างรัฐบาลประกอบด้วยสภารัฐมนตรีที่มีนายกรัฐมนตรีเป็นผู้นำ อำนาจตุลาการที่เป็นของประธานาธิบดี และสมัชชาแห่งชาติซาห์ราวีซึ่งมีโฆษกคนปัจจุบันคือ มาห์ฟูด อาลี เบยบา หลังจากมีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญใน พ.ศ. 2519 แล้ว ได้มีการแก้ไขอีกหลายครั้งได้มีการจัดตั้งระบบศาล ซึ่งมีทั้งศาลท้องถิ่นและศาลสูง แต่เนื่องจากเป็นรัฐบาลพลัดถิ่น โครงสร้างต่าง ๆ จึงไม่ได้ทำงานโดยสมบูรณ์ สถาบันคู่ขนานกับโครงสร้างรัฐบาลอื่นๆอยู่ในแนวร่วมโปลีซารีโอ ทำให้มีการซ้อนเหลื่อมระหว่างพรรคและสถาบันต่างๆ สมัชชาแห่งชาติในปัจจุบันมีบทบาทน้อยมากในการออกกฎหมาย