เมื่อได้สถาปนาขึ้นเมื่อ 22 มกราคม พ.ศ. 2441 ที่มาโลโลส มาโลโลสได้เป็นที่ตั้งรัฐบาลของรัฐบาลฟิลิปปินส์ และได้รับผลกระทบจากกองทัพสหรัฐและกองทัพฟิลิปปินส์ในการทัพมะนิลาที่ 2 เมื่อ 4 กุมภาพันธ์ กองทัพสหรัฐบุกลงมาทางเหนือจากมะนิลา เมื่อ 29 มีนาคม เมื่อกองทัพสหรัฐมาถึง ที่ตั้งของรัฐบาลก็ได้ย้ายไปซาน อิสิโดร นูเอวา เอจิยา

กองทัพสหรัฐเข้ายึดเมืองปาลิตได้ในวันที่ 4 พฤษภาคม และซานเฟร์นานโดในวันที่ 5 พฤษภาคม ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2442 ทหารสหรัฐในซานเฟร์นานโดได้ปะทะกับทหารฟิลิปปินส์ที่อันเกเลส ในวันที่ 12 ตุลาคม กองทัพสหรัฐได้รุกและบีบให้สาธารณรัฐฟิลิปปินส์เคลื่อนย้ายที่ตั้งไปตาร์ลัก และบาโยมบงตามลำดับ ในวันที่ 13 พฤศจิกายน การกดดันจากสหรัฐทำให้อากีนัลโดและพรรคพวกออกจากบาโยมบงไปยังสตาบาร์บารา โดยมีทหารเพียง 1,200 คน นำโดยนายพลเกรโกริโอ เดล ปีตาร์ กลุ่มของอากีนัลโดได้เดินทางต่อไปพร้อมกับกำลังทหารของเดล ปีตาร์จนถึงมาเนาอัก ปางาซีนัน เมื่อ 15 พฤศจิกายน จากนั้นได้แบ่งกองกำลังกัน กลุ่มของอากีนัลโดและเดลปีตาร์เดินทางต่อไปจนถึงตูเบาในวันที่ 16 พฤศจิกายน และไปถึงนากุยเลียนในวันที่ 19 พฤศจิกายน จากนั้นได้เดินทางไปถึงช่องเขาติรัดในวันที่ 23 พฤศจิกายน นายพลเดล ปีตาร์ตัดสินใจอยู่สู้รบกับทหารสหรัฐที่นั่นและให้อากีนัลโดเคลื่อนย้ายต่อไป

การสู้รบที่ช่องเขาตีรัดเกิดขึ้นเมื่อ 2 ธันวาคม พ.ศ. 2442 ฝ่ายของนายพลเดลป๊ตาร์ 60 คนถูกฆ่าไป 52 คนรวมทั้งนายพลเดล ปีตาร์ด้วย แต่ก็สามารถถ่วงเวลาได้นานพอให้อากีนัลโดหนีไปได้จนถึงบานาเนในวันที่ 7 ธันวาคม ในวันที่ 16 ธันวาคม กลุ่มของอากีนัลโดเคลื่อนย้ายไปยังอาบราเพื่อเข้าร่วมกับนายพลมานูเอล ตีนีโอ กองกำลังทั้งหมดเคลื่อนที่ไปยังอัมบายูอัน ตอนนั้น กลุ่มของอากีนัลโดเหลือเพียงเจ้าหน้าที่สนาม 1 คน เจ้าหน้าที่เส้นทาง 11 คน และผู้ขายอีก 107 คน กลุ่มของเขายังเคลื่อนย้ายต่อไปจนถึง 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2443 อากีนัลโดจึงจัดตั้งศูนย์กลางขึ้นที่ เทียร์ราวีร์เกน จน 27 สิงหาคม จึงย้ายไปปาลานัน อากีนัลโดอยู่ในปาลานันจนถูกจับตัวได้เมื่อ 25 มีนาคม พ.ศ. 2443