ได้มีการส่งทหารจำนวน 40,000 นาย เข้าไปยังเชชเนีย เพื่อปราบปรามการแบ่งแยกดินแดน ทำให้เกิดการสู้รบยืดเยื้อเป็นเวลาเกือบ 2 ปี (พ.ศ. 2537–2539) แต่ได้สิ้นสุดลง เมื่อรัสเซียตกลงให้สิทธิปกครองตนเองชั่วคราวแก่กลุ่มกบฏและยอมถอนทหารออกจากเชชเนียทั้งหมด และสนับสนุนให้นายอัสลาน มาสคาดอฟ ขึ้นดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีเชชเนียในเดือนกรกฎาคม 2540 สืบแทนประธานาธิบดีโซคคาร์ ดูคาเยฟที่เสียชีวิตไปในช่วงสงคราม ต่อมาอำนาจของประธานาธิบดีมาสคาดอฟได้ลดลงเป็นลำดับ เนื่องจากอดีตหัวหน้ากลุ่มกบฏแบ่งแยกดินแดน ซึ่งกระจายอยู่ตามดินแดนส่วนต่าง ๆ ของเชชเนีย เริ่มตั้งตนขึ้นมามีอำนาจอย่างเป็นเอกเทศ และจากการที่ประธานาธิบดีมาสคาดอฟได้ดำเนินนโยบายแยกตัวเป็นเอกราชจากรัสเซียในภายหลัง ทำให้รัฐบาลรัสเซียต้องการจับกุมตัวประธานาธิบดีมาสคาดอฟ ในฐานะหัวหน้ากลุ่มกบฏแบ่งแยกดินแดน