รูปแบบในรายการแต่ละสัปดาจะเป็นการพูดคุยในประเด็นต่าง ๆ ที่เป็นประเด็นสำคัญในช่วงระยะเวลานั้น ๆ โดยส่วนใหญ่ รายการจะแบ่งเป็น 2 ช่วง ได้แก่ สามแยกแตกประเด็น และปากหวานงานเข้า โดยระหว่างดำเนินรายการทั้ง 3 ก็จะอ่านทั้งข้อความ SMS ที่ส่งมาและรวมทั้งข้อความของผู้ฟังที่โพสท์ลงในหน้าแฟนเพจของสามแยกปากหวานใน Facebook เพื่อให้ความคิดเห็นที่แตกต่างมากขึ้น

โดยนับตั้งแต่ 29 พฤษภาคมเป็นต้นมา ก็มีการเพิ่มกติกาการลงโทษในแต่ละสัปดาห์เข้ามา ทำให้ผู้ฟังสามารถติดตามจนกระทั่งจบรายการ โดยให้ผู้ฟังที่โทรศัพท์เข้ามาหน้าไมค์ทั้งใน 2 ช่วงและให้ทำการโหวตดีเจซึ่งจะตั้งไว้บนประเด็นแต่ละสัปดาห์ซึ่งจะแตกต่างกันไปซึ่งบทลงโทษก็จะแตกต่างไปเช่นกัน โดยช่วงแรก ๆ น้าเน็กจะเป็นคนคิดบทลงโทษแต่ช่วงหลังทางทีมงานก็จะเป็นคนคิดบทลงโทษให้