สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน มีหน่วยงานส่วนกลางประจำภูมิภาคต่างทั่วประเทศ ได้แก่ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา[7] จำนวน 183 เขตพื้นที่การศึกษา สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา[8] จำนวน 42 เขตพื้นที่การศึกษา และหน่วยงานส่วนกลาง จำนวน 17 หน่วยงาน[9]

• สำนักอำนวยการ
• สำนักการคลังและสินทรัพย์
• สำนักติดตามและประเมินผลการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• สำนักทดสอบทางการศึกษา
• สำนักเทคโนโลยีเพื่อการเรียนการสอน
• สำนักนโยบายและแผนการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ
• สำนักพัฒนานวัตกรรมการจัดการศึกษา
• สำนักบริหารงานบุคคลและนิติการ
• สำนักพัฒนาครูและบุคลากรการศึกษาขั้นพื้นฐาน
• สำนักพัฒนากิจกรรมนักเรียน
• สถาบันภาษาอังกฤษ
• สำนักพัฒนาการศึกษาเขตพัฒนาเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้
• สำนักบริหารงานการมัธยมศึกษาตอนปลาย
• กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
• หน่วยตรวจสอบภายใน
• สำนักวิชาการและมาตรฐานการศึกษา
• สำนักบริหารงานความเป็นเลิศด้านวิทยาศาสตร์ศึกษา
• หน่วยศึกษานิเทศก์ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน