สำนักงานคณะกรรมการดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2559 ตาม พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ ๑๗) พ.ศ. ๒๕๕๙ พร้อมการจัดตั้งกระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคมและต่อมาเมื่อวันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2560 ได้มีการประกาศใช้ พระราชบัญญัติการพัฒนาดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม พ.ศ. ๒๕๖๐ ที่มีการกำหนดอำนาจหน้าที่ของสำนักงานในฐานะที่เป็นฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ