สำนักงานมีอำนาจหน้าที่ตามมาตรา ๑๕ ดังต่อไปนี้

(๑) รับผิดชอบในงานธุรการและงานวิชาการของคณะกรรมการนโยบาย

(๒) เสนอแนะคณะกรรมการนโยบายเกี่ยวกับการดำเนินงานตามมาตรา ๑๑ และมาตรา ๑๒

(๓) ศึกษาวิเคราะห์ผลกระทบเบื้องต้นจากการกำหนดและการดำเนินการตามนโยบาย แผนและมาตรการต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก รวมตลอดทั้งแนวทางหรือมาตรการป้องกัน แก้ไข หรือเยียวยาผลกระทบดังกล่าวเสนอต่อคณะกรรมการนโยบาย

(๔) กำกับ ติดตาม และรายงานความคืบหน้าในการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกต่อคณะกรรมการนโยบายอย่างน้อยทุกสามเดือน

(๕) จัดทำรายงานประจำปีเกี่ยวกับการปฏิบัติตามพระราชบัญญัตินี้เสนอคณะรัฐมนตรีเพื่อเสนอต่อสภาผู้แทนราษฎรและวุฒิสภาเพื่อทราบ

(๖) ประสานงานกับหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องเพื่อให้การดำเนินการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกเป็นไปตามนโยบาย แผน และมาตรการที่คณะกรรมการนโยบายกำหนด

(๗) ศึกษาความเหมาะสมและความเป็นไปได้ในการกำหนดเขตส่งเสริมเศรษฐกิจพิเศษ

(๘) ลงทุนหรือร่วมลงทุนกับบุคคลอื่นทั้งในประเทศและต่างประเทศเพื่อการประกอบกิจการที่เป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกและเขตส่งเสริมเศรษฐกิจพิเศษ

(๙) ตั้งบริษัทจำกัดหรือบริษัทมหาชนจำกัดเพื่อประกอบกิจการที่เป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกและเขตส่งเสริมเศรษฐกิจพิเศษ

(๑๐) กู้ยืมเงินเพื่อใช้จ่ายในกิจการของสำนักงาน

(๑๑) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัตินี้หรือกฎหมายอื่น หรือตามที่คณะรัฐมนตรีหรือคณะกรรมการนโยบายมอบหมาย