การแต่งตั้งเลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ ต้องได้รับความเห็นชอบของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ และวุฒิสภาไทย

1. นายกล้านรงค์ จันทิก (พ.ศ. 2542 - พ.ศ. 2546)
2. นายศราวุธ เมนะเศวต (พ.ศ. 2547 - พ.ศ. 2549)
3. นายปรีชา เลิศกมลมาศ (พ.ศ. 2552)
4. นายอภินันทน์ อิศรางกูร ณ อยุธยา (พ.ศ. 2553 - 2555)
5. นายณรงค์ รัฐอมฤต (พ.ศ. 2555 - 2556)
6. นายสรรเสริญ พลเจียก (2 ธันวาคม พ.ศ. 2556 [9]- 29 สิงหาคม พ.ศ. 2560[10])
7. นายวรวิทย์ สุขบุญ (24 ธันวาคม 2560 - ปัจจุบัน)