สำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ ก่อตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2550[3] โดยการโอนกิจการของสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข ในส่วนของสำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (สปรส.)[4]

ยุค สปรส.

สำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (สปรส.) เกิดขึ้นจากการที่รัฐบาลของนายชวน หลีกภัย เห็นว่าระบบสุขภาพในขณะนั้น ยังไม่สามารถช่วยให้ประชาชนมีสุขภาพและคุณภาพชีวิตที่ดีพอ จึงต้องมีการปฏิรูประบบสุขภาพ สร้างระบบสุขภาพให้มีมาตรฐาน โดยการออกระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2543 เป็นผลให้เกิด "สำนักงานปฏิรูปสุขภาพแห่งชาติ"[5]