สกสว. มีหน้าที่และอำนาจตามมาตรา ๔๔ ดังต่อไปนี้

1. รับผิดชอบงานวิชาการและงานธุรการ รวมถึงสนับสนุนและอำนวยความสะดวกให้การปฏิบัติหน้าที่ของ กสว. และคณะกรรมการพิจารณางบประมาณด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม ตามมาตรา ๑๒ (๒) เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ
2. ศึกษาวิเคราะห์สถานการณ์ภาพรวมในด้านการวิจัยและนวัตกรรมในระดับชาติและนานาชาติ เพื่อนำเสนอต่อสภานโยบายในการกำหนดนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผน รวมทั้งงบประมาณเพื่อการวิจัยและนวัตกรรม
3. จัดทำนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมของประเทศ เสนอต่อ กสว.
4. จัดทำกรอบวงเงินงบประมาณด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมของประเทศ เสนอต่อ กสว.
5. จัดทำคำของบประมาณของกองทุนเพื่อเสนอต่อคณะกรรมการพิจารณางบประมาณด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม ตามมาตรา ๑๒ (๒)
6. จัดทำหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการจัดทำคำของบประมาณและการจัดสรรงบประมาณให้แก่หน่วยงานในระบบวิจัยและนวัตกรรม เสนอต่อ กสว.
7. กลั่นกรองคำของบประมาณของหน่วยงานในระบบวิจัยและนวัตกรรมให้สอดคล้องกับแผนด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมของประเทศ และหลักเกณฑ์ตามมาตรา ๔๑ (๔)