รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ได้แต่งตั้งคณะกรรมการเพื่อพิจารณาดำเนินการภายใต้กฎหมายทั้ง 8 ฉบับนี้ คณะกรรมการดังกล่าว ได้แก่

1. คณะกรรมการอาหาร
2. คณะกรรมการยา
3. คณะกรรมการเครื่องสำอาง
4. คณะกรรมการวัตถุออกฤทธิ์ต่อจิตและประสาท
5. คณะกรรมการควบคุมยาเสพติดให้โทษ
6. คณะกรรมการเครื่องมือแพทย์
7. คณะกรรมการป้องกันการใช้สารระเหย

พร้อมกันนี้ คณะรัฐมนตรียังได้แต่งตั้งคณะกรรมการเพื่อกำหนดนโยบายสนับสนุน ส่งเสริมการพัฒนาด้านยา อาหารและสารเคมี เป็นกลไกประสานงานกับหน่วยงานอื่น คณะกรรมการดังกล่าว ได้แก่

1. คณะกรรมการระบบยาแห่งชาติ
2. คณะกรรมการอาหารแห่งชาติ
3. คณะกรรมการแห่งชาติว่าด้วยการพัฒนายุทธศาสตร์การจัดการสารเคมี

นอกจากนี้ สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา ยังได้เข้าร่วมองค์กรนานาชาติ เช่น Pharmaceutical Inspection Co-operation Scheme (PIC/S)

การดำเนินงานควบคุมทางด้านต่างๆ จะต้องดำเนินให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติ และมติของคณะกรรมการตามกฎหมายดังกล่าวข้างต้น และเลขาธิการฯ รองเลขาธิการฯ เจ้าหน้าที่ของกองที่เกี่ยวข้อง เจ้าหน้าที่ในส่วนภูมิภาค ได้แก่ ผู้ว่าราชการจังหวัด, นายแพทย์สาธารณสุขจังหวัด, เภสัชกรกลุ่มงานคุ้มครองผู้บริโภคและเภสัชสาธารณสุข รวมทั้งเจ้าหน้าที่ของ กทม. โดย อย. ได้มอบให้เป็นพนักงานเจ้าหน้าที่ในการดำเนินการคุ้มครองผู้บริโภคด้านอาหารตาม พ.ร.บ. อาหาร พ.ศ. 2522 เพื่อสามารถตรวจสอบดูแลคุณภาพมาตรฐานและความปลอดภัยของผลิตภัณฑ์อาหารที่จำหน่ายในท้องตลาด และทำหน้าที่เป็นพนักงานเจ้าหน้าที่ที่จะปฏิบัติให้เป็นไปตามกฎหมายและมติของคณะกรรมการดังกล่าวข้างต้น