สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2470 ตามการการตราพระราชบัญญัติคนเข้าเมือง พ.ศ. 2470 เนื่องจากเกิดปัญหาการลักลอบของต่างด้าวอย่างผิดกฎหมาย โดยมีชื่อกรมว่า กรมตรวจคนเข้าเมือง ขึ้นตรงต่อกระทรวงมหาดไทย มีกองบัญชาการหลักอยู่ที่กรุงเทพมหานคร มีด่านตรวจคนเข้าเมืองมณฑล ด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัด และด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอบางแห่งในในภาคตะวันออกและภาคใต้เท่านั้น

เนื่องจากการปฏิวัติสยาม พ.ศ. 2475 ทำให้กรมตรวจคนเข้าเมืองลดสถานะเป็นกองตำรวจ และย้ายไปสังกัดกรมตำรวจในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2475 ต่อมา ในปี พ.ศ. 2478 มีการเพิ่มด่านตรวจคนเข้าเมืองขึ้นทางภาคเหนือ ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ และภาคใต้ หลังจากสงครามโลกครั้งที่สอง กรมตำรวจได้ขอใช้สถานเอกอัครราชทูตสหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมันประจำประเทศไทย ซึ่งอยู่ในความครอบครองของรัฐบาลเป็นที่ทำการกองตรวจคนเข้าเมือง และได้ปรับสถานภาพเจ้าหน้าที่เป็นข้าราชการตำรวจแต่งเครื่องแบบพิเศษ

ในปี พ.ศ. 2536 ได้ปรับปรุงโครงสร้างเป็นหน่วยงานระดับกองบัญชาการ โดยเรียกว่า สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ประกอบด้วย 4 กองบังคับการ และ 2 ศูนย์ ต่อมา ในปี พ.ศ. 2552 ได้ปรับปรุงโครงสร้าง เป็น 8 กองบังคับการ และ 1 หน่วยงาน