สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร จัดตั้งขึ้นในคราวปฏิรูประบบราชการเมื่อปี พ.ศ. 2545 เป็นหน่วยงานสังกัดกระทรวงคมนาคม โดยทำการโอนอำนาจหน้าที่ของ สำนักงานคณะกรรมการจัดระบบการจราจรทางบก (สจร.) อำนาจหน้าที่ของสำนักงานปลัดกระทรวงคมนาคม ในส่วนของสำนักนโยบายและแผนการขนส่งและสื่อสาร (บางส่วน) และอำนาจหน้าที่ของสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการพาณิชยนาวี (บางส่วน) มาขึ้นกับ สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร และให้มีภารกิจเกี่ยวกับ การเสนอแนะนโยบายและจัดทำแผนการขนส่งการจราจร และความปลอดภัยจากการขนส่ง ประสานแผนด้านการขนส่งทางบก ทางน้ำ ทางอากาศ การจราจร และความปลอดภัย จากการขนส่งให้สอดคล้องกับแผนหลักด้านการขนส่งและจราจร เพื่อให้ นโยบายด้านการขนส่งและจราจร มีความเป็นเอกภาพ

สำนักงานฯ มีผู้อำนวยการสำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร เป็นหัวหน้าส่วนราชการ และทำหน้าที่เป็นกรรมการและเลขานุการของ คณะกรรมการจัดระบบการจราจรทางบก (คจร.) และ สนข.ยังเป็นหน่วยงานซึ่งอำนวยการปฏิบัติงานของ ศูนย์ปลอดภัยคมนาคม กระทรวงคมนาคม อีกด้วย