สำนักงานบริหารนโยบายของนายกรัฐมนตรีจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒๒ เมษายน พ.ศ. ๒๕๖๒ ตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยสำนักงานบริหารนโยบายของนายกรัฐมนตรี พ.ศ. ๒๕๖๐ [1] โดยก่อนหน้านั้นสำนักงานแห่งนี้เคยอยู่ใน สำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรี ตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ ๓/๒๕๖๐ ลงวันที่ ๑๗ มกราคม ๒๕๖๐ ต่อมาได้มีการโอนย้ายสำนักงานแห่งนี้มาอยู่ในสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ ๑๘/๒๕๖๐ ลงวันที่ ๓๑ มีนาคม ๒๕๖๐

ต่อมา ตั้งแต่วันที่ ๙ กรกฎาคม ๒๕๖๒ สบนร. ได้ย้ายมาอยู่ในสังกัดของสำนักงานเลขาธิการนายกรัฐมนตรี ตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ ๙/๒๕๖๒ ลงวันที่ ๙ กรกฎาคม ๒๕๖๒