เมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2513 ประธานาธิบดีริชาร์ด นิกสันได้นำส่งแผนปรับปรุงองค์การหมายเลข 3 (Reorganization Plan No. 3) ต่อรัฐสภาด้วยมติคณะรัฐมนตรีเพื่อจัดตั้งสำนักงานปกป้องสิ่งแวดล้อมโดยให้เป็นหน่วยงานเอกเทศที่มีความเป็นอิสระจากการบังคับบัญชาของหน่วยงานอื่นๆ ที่มีอยู่ในทุกระดับและจากรัฐบาลกลาง ก่อนมีการจัดตั้งอีพีเอ. ยังไม่มีหน่วยงานใดในสหรัฐฯ ที่มีโครงสร้างที่สามารถต่อสู้กับการโจมตีของมลพิษซึ่งเป็นอันตรายต่อสุขภาพมนุษยชาติและการเสื่อมโทรมของสิ่งแวดล้อมอย่างใหญ่หลวง อีพีเอ.ได้รับมอบหมายหน้าที่ให้ทำหน้าที่ซ่อมความเสียหายที่ได้เกิดขึ้นกับสิ่งแวดล้อมธรรมชาติแล้วนั้น และทำการวางกฎเกณฑ์เพื่อใช้เป็นแนวทางสำหรับชาวอเมริกันให้ช่วยกันทำให้อเมริกามีความสะอาดและปลอดภัยมากขึ้น