สำนักงานพลังงานปรมาณูเพื่อสันติ (ชื่อเดิม) จัดตั้งขึ้นครั้งแรกตามพระราชบัญญัติพลังงานปรมาณูเพื่อสันติ พ.ศ. 2504 และพระราชบัญญัติจัดระเบียบราชการสำนักนายกรัฐมนตรี (ฉบับที่ 8) พ.ศ. 2504 มีฐานะเป็นหน่วยงานราชการระดับกรม สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี

ต่อมาภายหลังมีการปรับปรุงโครงสร้างระบบราชการ เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2545 พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545[2] กำหนดให้สำนักงานพลังงานปรมาณูเพื่อสันติเปลี่ยนชื่อเป็น “สำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ” สังกัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

สำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ เป็นหน่วยงานกลางให้การเสนอแนะนโยบาย แนวทางและแผนยุทธศาสตร์ด้านพลังงานปรมาณูในทางสันติ กำกับให้เกิดความปลอดภัยแก่ผู้ใช้และประชาชน โดยการบริหารจัดการด้านพลังงานปรมาณู กำกับดูแลความปลอดภัยทางรังสี กำกับดูแลความปลอดภัยทางนิวเคลียร์และสนับสนุนการกำกับดูแลความปลอดภัยจากพลังงานปรมาณู เพื่อให้มีนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ด้านพลังงานปรมาณูในทางสันติให้เป็นไปตามพันธกรณีและมาตรฐานสากล สนับสนุนการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมที่ยั่งยืนและให้มีการพัฒนาและใช้พลังงานปรมาณูให้เกิดความปลอดภัยแก่ผู้ใช้และประชาชน