สำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหม จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติจัดระเบียบป้องกันราชอาณาจักร พุทธศักราช 2476 ตั้งอยู่ที่เมืองทองธานี ถนนแจ้งวัฒนะ จังหวัดนนทบุรี

ในปี พ.ศ. 2557 อาคารสำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหม ถนนแจ้งวัฒนะ ถูกใช้เป็นสถานที่ทำงานของนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ในช่วงการชุมนุมทางการเมือง[2]