ในอดีตมีการแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานปลัดกระทรวงฯ แบ่งออกเป็น 3 กอง คือ กองกลาง กองคลัง และกองที่ปรึกษา ต่อมาปี พ.ศ. 2515 ได้มีประกาศคณะปฏิวัติให้โอนกิจการกองแผนงานและหน่วยงานที่ปรึกษากระทรวงมหาดไทย มาเป็นส่วนหนึ่งในสำนักงานปลัดกระทรวงฯ โดยจัดตั้งเป็นหน่วยงานใหม่ ชื่อว่า สำนักนโยบายและแผนมหาดไทย

ราชการส่วนกลาง

1. กองกลาง[3]
2. กองการเจ้าหน้าที่
3. กองการต่างประเทศ
4. กองคลัง
5. กองสารนิเทศ
6. ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
7. ศูนย์ปฏิบัติการข่าว กระทรวงมหาดไทย[4]
8. สถาบันดำรงราชานุภาพ
9. สำนักกฎหมาย
10. สำนักงานคณะกรรมการมาตรฐานการบริหารงานบุคคลส่วนท้องถิ่น
11. สำนักตรวจราชการและเรื่องราวร้องทุกข์
12. สำนักนโยบายและแผน
13. สำนักพัฒนาและส่งเสริมการบริหารราชการจังหวัด

หน่วยงานรับผิดชอบขึ้นตรงปลัดกระทรวง

1. กลุ่มตรวจสอบภายใน
2. กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
3. ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต

หน่วยงานภายในที่จัดตั้งขึ้นและให้รายงานตรงต่อปลัดกระทรวง

1. สำนักงานที่ปรึกษากฎหมาย
2. กลุ่มงานสนับสนุนปลัดกระทรวง
3. สำนักบริหารยุทธศาสตร์กลุ่มจังหวัด
4. สำนักงานศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้
5. ศูนย์ดำรงธรรม กระทรวงมหาดไทย

ราชการส่วนภูมิภาค

• สำนักงานจังหวัด มีหัวหน้าสำนักงานจังหวัด (ข้าราชการพลเรือนสามัญ ประเภทอำนวยการ ระดับสูง) เป็นหัวหน้าหน่วยงาน มีสำนักงานตั้งอยู่ภายในศาลากลางจังหวัด
  • กลุ่มงานอำนวยการ
  • กลุ่มงานยุทธศาสตร์และข้อมูลเพื่อการพัฒนาจังหวัด
  • กลุ่มงานศูนย์ดำรงธรรมจังหวัด
  • กลุ่มงานบริหารทรัพยากรบุคคล