สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ มีหน่วยงานในสังกัด 29 หน่วยงาน

• สำนักอำนวยการ
• ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
• สถาบันพัฒนาครูคณาจารย์ และบุคลากรทางการศึกษา
• สำนักความสัมพันธ์ต่างประเทศ
• สำนักการลูกเสือ ยุวกาชาด และกิจการนักเรียน
• สำนักส่งเสริมกิจการการศึกษา
• สำนักนิติการ
• สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์
• สำนักตรวจราชการ และติดตามประเมินผล
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 1
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 2
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 3
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 4
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 5
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 6
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 7
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 8
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 9
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 10
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 11
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 12
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 13
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 14
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 15
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 16
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 17
• สำนักงานศึกษาธิการภาค 18
• กลุ่มตรวจสอบภายในระดับกระทรวง
• หน่วยตรวจสอบภายใน
• กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
• สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา
• สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน
• สำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย
• ศูนย์ประสานราชการใสสะอาด