สำนักงานป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน เป็นหน่วยงานที่ถูกวิจารณ์ว่าทำตามคำสั่งของนักการเมืองในการดำเนินคดีต่าง ๆ อาทิ กรณีเข้าตรวจสอบบัญชีธนาคาร และการชำระภาษีย้อนหลัง ของสื่อมวลชน เช่นสมัย ทักษิณ ชินวัตร เป็นประธานสำนักงานป้องกันและปราบปรามการฟอกเงินโดยตำแหน่ง สั่งสอบบัญชี สุทธิชัย หยุ่น[11] แม้ว่าเป็นหน่วยงานที่ไม่สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี กระทรวง ทบวงใด แต่นายกรัฐมนตรีมักส่งบุคคลที่เขาไว้ใจได้ว่าจะนโยบายมาเป็นเลขาธิการ ไม่เว้นแม้แต่คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่แต่งตั้ง พลตำรวจเอก ชัยยะ ศิริอำพันธ์กุล เป็นเลขาธิการ [12] ภายหลัง รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 ได้มีการแก้กฎหมาย ยกเลิกให้ นายกรัฐมนตรีเป็นประธานกรรมการโดยตำแหน่ง และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังเป็นรองประธานกรรมการโดยตำแหน่ง ยกเลิกอธิบดีกรมการประกันภัย อธิบดีกรมที่ดิน อธิบดีกรมสรรพากร อธิบดีกรมสนธิสัญญาและกฎหมาย เลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด และประธานสมาคมธนาคารไทย จากการเป็นกรรมการในสำนักงานป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน

ภายหลัง รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 พ.ต.อ.สีหนาท ประยูรรัตน์ เลขาธิการปปง. ถูกย้ายเป็นที่ปรึกษาปปง. ในวันที่ 13 มีนาคม 2559 และ มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 120/2560 เรื่องให้ข้าราชการมาปฏิบัติราชการสำนักนายกรัฐมนตรี โดยย้ายให้มาปฏิบัติราชการที่สำนักนายกรัฐมนตรี ในวันที่ 3 พฤษภาคม 2560 และพล.ต.ต.รมย์สิทธิ์ วีริยาสรร เลขาธิการปปง.ในขณะนั้น[13] ถูกคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 12/2561 ให้ดำรงตำแหน่งผู้ตรวจราชการพิเศษประจำสำนักนายกรัฐมนตรี[14]ซึ่งเท่ากับเขาเป็นเลขาธิการที่ทำงานเพียง 46 วัน[15]