สำนักงานพัฒนาธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ เป็นองค์การมาชนที่จัดตั้งขึ้นโดยโอนภารกิจ บุคลากร และทรัพย์สิน ที่เกี่ยวกับการพัฒนาเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารด้านการพัฒนาธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ของสำนักงานปลัดกระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร และบรรดาภารกิจที่เกี่ยวกับการศึกษาวิจัยและการพัฒนาด้านโครงสร้างพื้นฐานสารสนเทศที่สนับสนุนการทำธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ของสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

ต่อมาในปี พ.ศ. 2562 จึงได้มีการตราพระราชบัญญัติสำนักงานพัฒนาธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ พ.ศ. 2562 ส่งผลให้สำนักงานพัฒนาธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ มีสถานะเป็นหน่วยงานของรัฐที่มีฐานะเป็นนิติบุคคล และไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน หรือรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณหรือกฎหมายอื่น โดยมีหน้าที่หลักในการส่งเสริมและสนับสนุนการพัฒนาธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์และพาณิชย์อิเล็กทรอนิกส์ของประเทศ เพื่อเป็นกลไกในการขับเคลื่อนนโยบายและแผนของรัฐด้านธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์และพาณิชย์ อิเล็กทรอนิกส์ให้สอดคล้องกับนโยบายและแผนระดับชาติว่าด้วยการพัฒนาดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม รวมทั้งส่งเสริมให้เกิดการพัฒนามาตรฐานหรือกฎเกณฑ์ในการใช้งานเทคโนโลยีดิจิทัลเพื่อให้ระบบ งานเทคโนโลยีดิจิทัลต่าง ๆ เชื่อมโยงกันได้อย่างมีประสิทธิภาพ มีความมั่นคงปลอดภัยและมีความน่าเชื่อถือ