ในปี พ.ศ. 2539 สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้จัดตั้ง "พิพิธภัณฑ์การเกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว" โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในวโรกาสมหามงคลพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ทรงครองสิริราชสมบัติครบรอบ 50 ปี โดยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์การก่อสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์ เมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2539 และพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชเสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานในพิธีเปิด เมื่อวันที่ 21 มกราคม พ.ศ. 2545[3]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2552 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้ดำเนินการจัดตั้งสำนักงานพิพิธภัณฑ์เกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว (องค์การมหาชน) โดยการตราพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสำนักงานพิพิธภัณฑ์เกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2552 โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 23 มิถุนายน พ.ศ. 2552[2]

สำนักงานพิพิธภัณฑ์เกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว (องค์การมหาชน) จัดตั้งขึ้นโดยมีวัตถุประสงค์หลักในการเผยแพร่พระเกียรติคุณและพระอัจฉริยภาพของพระมหากษัตริย์ไทยกับความสัมพันธ์ในด้านการเกษตรตั้งแต่อดีตถึงปัจจุบัน ตลอดจนเป็นศูนย์กลางในการขับเคลื่อนปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียงที่เกี่ยวกับการเกษตร[2]

พิพิธภัณฑ์เกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เปิดให้บริการวันอังคาร ถึงวันอาทิตย์[4]