สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตรมีหน้าที่ความรับผิดชอบ ตามที่กำหนดไว้ใน พระราชบัญญัติเศรษฐกิจการเกษตร พ.ศ. 2522 ดังนี้

1. วิเคราะห์นโยบายการเกษตรและแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ เพื่อเสนอคณะกรรมการนโยบายและแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์
2. ศึกษาวิเคราะห์การวางแผนการผลิตทางการเกษตร แหล่งการผลิต ให้สอดคล้องกับสภาพดิน ฟ้า อากาศ แหล่งน้ำ ประเภทของเกษตรกรรม และความต้องการของตลาด เสนอต่อคณะกรรมการฯ เพื่อประกอบการพิจารณากำหนดเขตเกษตรเศรษฐกิจ
3. ศึกษาและวิเคราะห์การจัดระบบการตลาด การขนส่ง และการพัฒนาตลาดสินค้าเกษตรกรรมให้มีประสิทธิภาพ รวมทั้งวิเคราะห์ราคาและความต้องการสินค้าเกษตรกรรม
4. ศึกษาวิเคราะห์แหล่งทรัพยากร การใช้ทรัพยากรทางการเกษตร และศึกษาวิเคราะห์เศรษฐกิจการผลิต การจัดระบบปลูกพืชและเลี้ยงสัตว์ให้มีประสิทธิภาพ
5. เก็บรวบรวมข้อมูลสถิติการเกษตรที่จำเป็นทุกชนิด เพื่อใช้ในการวิเคราะห์นโยบายการเกษตรและแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ และจัดทำเอกสารสถิติด้านเศรษฐกิจการเกษตร
6. วิเคราะห์และประเมินผลการลงทุนในโครงการเกษตร ตลอดจนติดตามประเมินผลความสำเร็จและความก้าวหน้าของโครงการและแผนปฏิบัติงาน ของหน่วยงานในสังกัดกระทรวงเกษตรฯ รวมทั้งเสนอแนะแนวทางแก้ไขปัญหาหรืออุปสรรคที่ต้องกระทำเป็นการเร่งด่วน
7. วิเคราะห์การพัฒนาเศรษฐกิจในสาขาอื่น รวมทั้งภาวะเศรษฐกิจการเกษตรที่จำเป็นในการวางแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์
8. จัดทำระเบียนเกี่ยวกับการประกอบกิจการในด้านการเกษตรโดยจัดประเภท ชนิด หรือกลุ่มแต่ละสาขา
9. ประสานงานในการกำหนดนโยบาย และแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์กับหน่วยราชการ และรัฐวิสาหกิจที่เกี่ยวข้อง
10. ปฏิบัติการอื่นตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่ของคณะกรรมการนโยบายและแผนพัฒนาการเกษตรและสหกรณ์ หรือสำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร หรือตามที่กระทรวงหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย