สำนักวิชาเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์[1] จัดตั้งขึ้นโดยที่ประชุมคณะกรรมการวิทยาการสุขภาพ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ได้พิจารณาและมีมติเห็นชอบในหลักการโครงการพัฒนาระบบสุขภาพของมหาวิทยาลัย และโครงสร้างองค์กรซึ่งประกอบด้วย วิทยาลัยวิทยาการสุขภาพ สถาบันวิจัยวิทยาลัยวิทยาการสุขภาพ สำนักวิชาแพทยศาสตร์ และสำนักวิชาเภสัชศาสตร์ โดยหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2549) และโครงการจัดตั้งสำนักวิชาเภสัชศาสตร์ ได้ผ่านการพิจารณาจากสภาวิชาการ เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2548

หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2549) และโครงการจัดตั้งสำนักวิชาเภสัชศาสตร์ ได้ผ่านพิจารณาอนุมัติจากที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ครั้งที่ 1/2549 เมื่อวันที่ 11 มีนาคม พ.ศ. 2549 และได้รับการเห็นชอบหลักสูตรจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา เมื่อวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2550 และสภาเภสัชกรรมได้รับทราบหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สำนักวิชาเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์