ประเทศไทยประสบปัญหาขาดแคลนแพทย์ในชนบทมาอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการกระจายแพทย์สู่ชนบทยังเป็นปัญหาสำคัญมาโดยตลอด แม้จะมีความพยายามแก้ไขด้วยมาตรการต่าง ๆ แต่ก็ยังไม่ประสบผลสำเร็จ แพทย์ที่จบใหม่ยังคงต้องการมาศึกษาต่อเป็นผู้เชี่ยวชาญในโรงเรียนแพทย์ในกรุงเทพฯ หรือจังหวัดใหญ่ ๆ และไม่ต้องการกลับไปปฏิบัติงานในพื้นที่ชนบท การจัดตั้งสำนักวิชาแพทยศาสตร์แนวใหม่ที่มุ่งผลิตแพทย์ที่มีแนวคิดใหม่ตรงความต้องการของชุมชน มีจิตใจรักผูกพันและต้องการปฏิบัติงานอยู่ในชุมชน จึงเป็นทางออกสำคัญทางหนึ่งที่จะช่วยแก้ปัญหาดังกล่าวได้ดังนั้น เพื่อให้เป็นไปตามปรัชญาของหลักสูตร จึงจำเป็นต้องพัฒนาอาจารย์และคัดเลือกนักศึกษาให้เหมาะสมกับหลักสูตร โดยหลักการสำคัญของแพทยศาสตร์แนวใหม่คือ หลักสูตรเน้นการผลิตแพทย์ด้านเวชศาสตร์ครอบครัว (Family Physicians) ซึ่งเป็นสาขาวิชาเฉพาะทางการแพทย์ที่เน้นดูแลผู้ป่วยและครอบครัวแบบองค์รวม ผสมผสานเชื่อมโยงวิชาวิทยาศาสตร์ทางการแพทย์กับพฤติกรรมศาสตร์และสังคมศาสตร์ รวมถึงการเรียนการสอนและการค้นคว้าวิจัย มุ่งเน้นผลการรักษาคุณภาพชีวิตของผู้ป่วยเป็นหลัก โดยอาศัยชุมชนเป็นแหล่งเรียนรู้สร้างแนวคิด การสร้างเสริมสุขภาพ การป้องกันโรค การรักษาโรค และการฟื้นฟูสุขภาพของคนในท้องถิ่น เพื่อผลิตแพทย์แนวคิดใหม่ที่สามารถตอบสนองความต้องการของชุมชน มีจิตใจรักชุมชน และสามารถใช้ชีวิตอยู่ในบ้านเกิดของตนเองได้อย่างยั่งยืน

จากปัญหาขาดแคลนแพทย์ดังกล่าว มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จังหวัดเชียงราย ในฐานะที่เป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ ที่จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์แห่งความจงรักภักดีของปวงชนชาวไทยและรัฐบาล ที่มีต่อสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีและเพื่อเป็นแหล่งสืบสานพระราชปณิธานของพระองค์ในการพัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชนที่ด้อยโอกาสที่อยู่ในพื้นที่ห่างไกล มีความพร้อมและศักยภาพในการรองรับการผลิตแพทย์โดยเน้นเวชศาสตร์ครอบครัว โดยมีสำนักวิชาที่จัดการเรียนการสอนด้านการแพทย์และสาธารณสุข คือ สำนักวิชาวิทยาศาสตร์ สำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ สำนักวิชาเวชศาสตร์ชะลอวัยและฟื้นฟูสุขภาพ และศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มีอาคารและครุภัณฑ์ประกอบด้วยอาคารเรียนปรีคลินิก ที่สามารถใช้ในการจัดการเรียนการสอนในชั้นเตรียมแพทย์และชั้นปรีคลินิก มีโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง การแพทย์บูรณาการ ที่เน้นการแพทย์ทางเลือก ตลอดจนมีโครงการที่จะจัดตั้งศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง (โรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง) เพื่อรองรับการจัดการเรียนการสอนชั้นคลินิก จึงเห็นสมควรจัดตั้งสำนักวิชาแพทยศาสตร์ ทำหน้าที่ผลิตแพทย์เวชศาสตร์ครอบครัวขึ้น ที่มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เพื่อผลิตแพทย์แนวคิดใหม่ที่สามารถตอบสนองความต้องการของชุมชน มีจิตใจรักชุมชน และสามารถใช้ชีวิตอยู่ในบ้านเกิดของตนเองได้อย่างยั่งยืน

สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งโดยสภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2555  เพื่อสนองต่อนโยบายของรัฐในด้านการเสริมสร้างสุขภาพของประชาชนอย่างครบวงจร และมีคุณภาพมาตรฐาน ยกระดับคุณภาพของระบบหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า ปฏิรูประบบบริหารจัดการทางการแพทย์และสาธารณสุขให้มีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการพัฒนาและเพิ่มจำนวนแพทย์เพื่อสนองตอบตามความต้องการของท้องถิ่นในเขตภาคเหนือตอนบน สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้รับการรับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต จากแพทยสภา เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2556 และทำการเปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2556 จำนวน 32 คน โดยในช่วงแรกทำการเรียนการสอนชั้นปรีคลินิก (ชั้นปีที่ 1 - 3) ที่มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จากนั้นจึงไปศึกษาต่อระดับชั้นคลินิก (ชั้นปีที่ 4 - 6) ที่โรงพยาบาลกลาง สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร และโรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์ สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานครโดยมี พลโท ศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ นพดล วรอุไร อดีตประธานราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทย ดำรงตำแหน่งคณบดีสำนักวิชาแพทยศาสตร์ในปีพ.ศ. 2561 ได้มีการเปิดให้บริการ โรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ในเวลาต่อมา ณ จังหวัดเชียงราย[2]