หน่วยงานฝ่ายบริหารของไทยในพื้นที่สี่รัฐมาลัยมีขนาดค่อนข้างเล็ก และเจ้าหน้าที่ฝ่ายบริหารต้องรับผิดชอบทั้งด้านการทหาร การรักษาความสงบฝ่ายพลเรือน และความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ การดำเนินการของหน่วยงานฝ่ายไทยนั้นเป็นภาระของข้าราชการพลเรือน โดยอยู่ภายใต้การกำกับของทางฝ่ายทหารอีกชั้นหนึ่ง

รัฐไทรบุรี

ข้าหลวงญี่ปุ่น

• 2484 – มีนาคม 2485 โอจามะ (Ojama)
• มีนาคม 2485 – 18 ตุลาคม 2486 ซึเคะงาวะ เซจิ (Sukegawa Seiji (Seichi))

ข้าหลวงไทยฝ่ายทหาร

• 18 ตุลาคม 2486 – 2488? ร้อยตำรวจเอกปราโมทย์ จงเจริญ (อดีตกงสุลไทยประจำเมืองปีนัง)

ข้าหลวงใหญ่ฝ่ายทหารของไทย

รับผิดชอบดูแลรัฐไทรบุรี รัฐกลันตัน รัฐตรังกานู[5]

• 20 สิงหาคม 2486 – ตุลาคม 2486 พันเอก พระสราภัยสฤษฏิการ (กระมล โชติกเสถียร)
• 18 ตุลาคม 2486 – 2488? พันเอก พระสราภัยสฤษฏิการ (กระมล โชติกเสถียร) (รับมอบดินแดนจากญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการ)

รัฐกลันตัน

ข้าหลวงญี่ปุ่น

• 2484 – 2486 ยะซึชิ ซึนากาวัง (Yasushi Sunakawan)
• 2486 – 20 สิงหาคม 2486 คิคุระ ฟุจิซาวะ (Kikura Fujisawa)

ข้าหลวงไทยฝ่ายทหาร

• 2486 – 2487 จรูญ ชัยชาญ (Charu Chaichan)
• 2487 – 2488 ธาริน ระวังภู่ (Tharin Rawang Phu)

รัฐตรังกานู

ข้าหลวงญี่ปุ่น

• ธันวาคม 2484 – 18 มีนาคม 2485 ไม่มีข้อมูล
• 18 มีนาคม 2485 – กรกฎาคม 2486 มานาบุ คุจิ (Manabu Kuji)

ข้าหลวงไทยฝ่ายทหาร

• 20 สิงหาคม 2486 – สิงหาคม 2488 ประยูร รัตนกิจ (Prayoon Ratanakit)

รัฐปะลิส

ข้าหลวงญี่ปุ่น

• 2484 – 2485 Ohyama Kikancho
• มีนาคม 2485 – 20 สิงหาคม 2486 Sukegawa Seiji (Osagawa)

ข้าหลวงไทยฝ่ายทหาร

• 20 สิงหาคม 2486 – 8 กันยายน 2488 ชาญ ณ สงคราม (Charn Na Song Khram)