นายสุวัจน์ เริ่มเข้าสู่การเมืองในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดนครราชสีมา ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2531 ต่อมาในปี พ.ศ. 2533 ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม ในรัฐบาลของพลเอก ชาติชาย ชุณหะวัน (1)[7] พ.ศ. 2534 เป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม ในรัฐบาลของพลเอก ชาติชาย ชุณหะวัน (2)[8]

ภายหลังการยุบสภาในปี พ.ศ. 2535 นายสุวัจน์ ได้เข้าร่วมกับพลเอกชาติชาย ชุณหะวัณ นายกร ทัพพะรังสี และสมาชิกอีกจำนวนหนึ่ง จัดตั้งพรรคชาติพัฒนาขึ้น[9]

ในรัฐบาลของพลเอก สุจินดา คราประยูร ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม[10] และในปี พ.ศ. 2538 เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในรัฐบาลของนายชวน หลีกภัย พ.ศ. 2540 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม ในรัฐบาลของชวลิต ยงใจยุทธ[11] และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงอุตสาหกรรม ในรัฐบาลของนายชวน หลีกภัย

ในปี พ.ศ. 2545 รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการทบวงมหาวิทยาลัย รัฐบาลของทักษิณ ชินวัตร (1)[12] และ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2547 เป็นรองนายกรัฐมนตรี ต่อจากนั้นไม่นานก้ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ในรัฐบาลของพันตำรวจโท ทักษิณ ชินวัตร (2)[13]

นายสุวัจน์ เข้ารับตำแหน่งหัวหน้าพรรคชาติพัฒนา ต่อจากนายกร ทัพพะรังสี ซึ่งลาออกไปร่วมกับพรรคไทยรักไทย และต่อมาในปี พ.ศ. 2548 นายสุวัจน์ จึงประกาศยุบพรรคชาติพัฒนาเข้าร่วมกับพรรคไทยรักไทย ต่อมาในปี พ.ศ. 2550 ได้ถูกตัดสิทธิทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี เนื่องจากเป็นกรรมการบริหารพรรคไทยรักไทยซึ่งถูกยุบในคดียุบพรรคการเมือง พ.ศ. 2549[14] จึงได้นำสมาชิกในกลุ่มย้ายไปสังกัดพรรครวมใจไทยชาติพัฒนา