ในอดีตบริเวณพื้นที่โดยรอบวัดดอนเรียกว่า ทุ่งวัดดอน เป็นทุ่งทางตอนใต้ของพระนคร ด้านที่ติดริมแม่น้ำเจ้าพระยานั้น เดิมเรียกว่าบ้านทวาย แต่ต่อมามีชาวมลายูมุสลิมซึ่งมาจากทางเมืองตานีมาตั้งถิ่นฐานตั้งแต่ครั้งรัชกาลที่ 1 แต่ละชุมชนมลายูก็มีมัสยิดเป็นของตน และบ้านทวายก็ได้ชื่อว่า "บางคอแหลม" ซึ่งคอแหลม ก็แผลงมาจากภาษามลายู บริเวณบางคอแหลมทุกวันนี้ ยังปรากฏชุมชนชาวมลายู และมัสยิดอยู่หลายแห่ง

ต่อมาตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 4-5 ได้มีชาวชวาที่เดินทางทางทะเลมาพร้อมกับบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ อพยพเข้ามาอาศัยในพื้นที่ ชาวชวาเหล่านี้เป็นพวกที่หลบหนีการกดขี่ของดัตช์มาหาชีวิตใหม่ในกรุงเทพ ทำให้ที่ตั้งโดยรอบสุสานในปัจจุบัน ยังประกอบด้วยชุมชนชาวชวาที่มีมัสยิดยะวาเป็นศูนย์กลาง และกุโบร์ หรือสุสานของชาวมุสลิมอีกด้วย

ความเจริญได้เข้าสู่พื้นที่โดยรอบที่ตั้งสุสานมากขึ้น ในสมัยรัชกาลที่ 4 มีการตัดถนนอย่างฝรั่งสายแรกของไทย คือถนนเจริญกรุง ทำให้ความเจริญหลั่งไหลออกมาจากพระนครตามถนนเจริญกรุงนี้ กลายเป็นถิ่นฐานใหม่ของฝรั่ง และจีน จนความเจริญได้ขยายเรื่อยมาจวบจนปัจจุบัน และได้กลายเป็นแหล่งธุรกิจ แหล่งการเงิน และแหล่งชุมชนที่สำคัญแห่งหนึ่งของกรุงเทพฯ[4]

สุสานวัดดอน เริ่มก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2442 หรือในช่วงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ตั้งอยู่ที่ตรอกจันทร์ ยานนาวา สมัยนั้นเรียกว่า บ้านทนาย (ปัจจุบัน เรียกว่า “ทุ่งวัดดอน”) เมื่อช่วงก็ตั้งใหม่บริเวณโดยรอบสุสานเป็นเพียงพื้นที่ชานเมืองที่ประกอบด้วยโคกและทุ่งนา การฝังในสุสานนี้ เกิดขึ้นครั้งแรก ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2443 ตามประวัติเล่าว่า บุคคลแรกที่ฝังยุในสุสานนี้ ชื่อ “อื้อกิมไถ่” เป็นชาวจีน แต้จิ๋ว มาจากสิงคโปร์

การบริหารก่อตั้งสุสานเริ่มต้นเอาแบบมาจากสิงคโปร์ คือระบบ กงซีซัว (ลักษณะเป็นหลุมฮวงซุ้ย) ซึ่งไม่มีการเก็บเงิน “แบบหงี่ท่ง” (บริการฟรี) นับตั้งแต่ก่อตั้งสุสานนี้มาได้เพียง 6 ปี มีรายชื่อที่นามาฝังรวมแล้วถึง 4,267 ชื่อ โดยส่วนใหญ่จะเป็นผู้ชาย ผู้หญิงมีไม่ถึง 8% รุ่นอายุ 20-30 ปี มากที่สุดประมาณ 70% รองลงมาคืออายุ 40-50 ปี ส่วน 60-70 ปี น้อยมาก แต่อย่างไรก็ตาม สมัยนั้นคนจีนโพ้นทะเลส่วนใหญ่ที่อพยพมาได้รับการสาธารณสุขและการรักษาสุขภาพไม่ดีซึ่งส่วนใหญ่เป็น ชายหนุ่มที่เดินทางเข้ามาบุกเบิกทำงานหนักเพื่อการพัฒนาประเทศ แล้วมาเสียชีวิตที่เมืองไทย

เดิมสถานที่แห่งนี้ ไม่ใช่สมาคมแต้จิ๋วเป็นผู้ดูแล แต่ภายหลังได้มีการโอนการบริหาร ให้แก่สมาคมแต้จิ๋วฯ เป็นผู้ดำเนินการ จึงมีการเปลี่ยนแปลงโดยทางสมาคมแต้จิ๋วฯ จะเป็นผู้ก่อสร้างหลุมฝังศพเอง และให้ถือเป็นลักษณะการเช่า ไม่ใช้การซื้อ จากนั้นหลายปีต่อมา ทางสมาคมแต้จิ๋วฯ ได้ก่อตั้งสานักงานขึ้นในเนื้อที่ 10 ไร่ ส่วนที่เป็นสุสานเหลือเนื้อที่อยู่ประมาณ 105 ไร่ เนื่องจากทางการได้เวนคืนที่ดินไปจานวนหนึ่งเพื่อการก่อสร้างแนวถนน

นับตั้งแต่ปี พ.ศ. 2539 เป็นต้นมาสำนักงานเขตสาทร ได้เข้ามาพัฒนาพื้นที่ในส่วนสุสานให้พื้นที่สาธารณะ โดยชมรมนักวิ่งสุขภาพสมาคมแต้จิ๋วซึ่งเป็นหนึ่งกิจกรรมของสมาคมฯ ได้เข้ามาบริหารลานสุขภาพให้สุสานมีความสวยงาม ร่มรื่น ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อประชาชนและเยาวชนมาใช้เป็นที่ออกกำลังกาย [5]